南京鼓楼医院于1892年建院后即有药房，1951年底成立药材科，1989年更名为药剂科，2011年更名为药学部。目前是江苏省临床重点专科、卫计委临床药师制试点单位、卫计委临床药师/师资培训基地、中国药科大学临床药学教学基地、中国药科大学大学生校外实践基地，同时也是美国麻省医药与健康科学大学学院（波士顿）、加拿大曼尼托巴大学药学院、美国太平洋大学药学院以及国内多家药学高等院校学生实习基地。经过几代人的努力，药学部已从传统的药品采购供应，发展为集药品采购供应、药事管理、临床药学服务、科研教学为一体的综合性平台科室。
药学部设有中心质量管理（QC）组、药品库房、临床药学室、5个调剂药房、2个静脉药物配置中心。现有工作人员187人，其中本院151人，协作单位36人；药学专业人员135人，占72.0%，中、高级职称72人，占药学专业人员53.3%；博士学位7人，硕士学位44人，本科学位61人，本科以上学位人员占药学专业人员74.2%。
多年来，药学部坚持秉承“以病人为中心”的服务理念，始终把维护人民健康、保障患者用药安全有效放在工作首位，坚持以《医疗机构药事管理规定》、《药品不良反应报告与监测管理办法》、《处方管理办法》、《麻醉药品和精神药品管理条例》、《抗菌药物临床应用指导原则》等法律法规作为工作标准和指南，建有以各类规章制度、各级人员岗位职责说明书、标准操作规程以及绩效考核评估标准为支撑的质量管理体系，并在工作实践中不断完善。
为充分发挥药师的专业职能，通过不断完善药品供应管理系统的信息化、智能化水平，各级药师不断拓展药学服务职能，以临床用药需求为导向推动合理用药，协助医生制定各项用药规范，为患者提供相关咨询服务，确保患者用药安全、有效、经济、适当。
药学部不断加强医、教、研学科专业水平和人才队伍建设，通过与高等院校合作教学和科研工作、培养专职临床药师参与临床合理用药，学科综合竞争力不断夯实。2006年9月创办《鼓医药事》内部专业刊物。每年承担国家级、厅级、市局级科研项目数十项，在SCI期刊、统计源期刊/核心期刊发表论文几十余篇，获国家、省、市级学术会议优秀论文奖多篇。每年受邀多次参加国际和国内各级药学大会，并在大会做交流报告或壁报展示。现有硕士生导师5名，每年招收及培养硕士研究生数十名。承担卫计委临床药师/师资培训工作，每年带教全国各地临床药师/师资进修学员七十余名。承担南京大学、中国药科大学、南京医科大学、南京中医药大学等高校的理论课、临床见习教学工作，并承担各大院校本科实习生数六十余名。近年来。每年举办或承办国家级或省级临床药学继续教育学习班，在业内获得排头兵殊荣。在复旦大学医院管理研究所发布的2015年度中国医院排行榜中，我院临床药学获提名，且在华东地区排名第五。
特色医疗
药事管理工作：有完整的本院药物目录与临床应用相匹配评估和遴选管理办法，药学部每月进行处方分析与点评、抗菌药物使用、特殊药品管理和药品不良反应报告等监测和预警，并及时进行合理用药干预管理。配合医院进行抗菌药物合理使用管理（AMS），参与病例讨论与点评，切实提高抗菌药物使用合理率。
临床药学工作：药学部高度重视药师队伍建设，陆续引进高层次人才，努力打造一批素质优良、服务能力强的专业化药师队伍，积极应对药师转型。截止2016年，药学部有专职临床药师30人，占药学专业人员的22%。其中，有病区临床药师27人，覆盖20个临床专科、33个病区，开展医嘱审核、给药方案制定以及患者用药教育等工作；门诊诊区有临床药师4人，为呼吸系统疾病、心脑血管疾病、消化系统疾病以及妇产科患者用药提供专业咨询服务。此外，药学部还开设了抗凝、疼痛、营养支持、妊娠期用药、呼吸科用药以及老年患者用药等一系列药师专家/专病门诊，全方位地为患者提供药学服务。现有科研/合理用药管理药师11人，开展血药浓度监测、基因检测、基于临床问题的科学研究，并与临床药师合作，开展患者个体化给药方案设计等工作，使药师的价值在为患者提供专业化药学服务中得以体现。截止2016年，我院开展治疗药物监测的药物品种有33个，是国内开展项目较多的医院。2016年，药学部获得国家自然科学基金项目6项、江苏省省厅级项目4项、南京市课题3项以及中央高校课题13项，目前在研课题近40项。
药学服务工作：（1） 药学信息服务:建立院内电子药品处方集系统，为患者和临床医务人员提供实时全面的药品基本信息以及药学专业和相关专业信息。（2）药品物流供应系统：药品库房采用SPD综合物流服务模式，通过条码化管理，在医院与供应商之间实现采购定单的系统对接，做到药品的效期、批号、采购批次的系统管理，根据调剂部门的消耗数据，自动生成补货信息，提高了工作效率。另外建立住院患者药品自动传输系统，提高了药品下送的工作效率。（3）药品调剂自动化：住院药房采用自动分包机实现住院病人口服药品单剂量分装。门诊药房为患者取药提供刷卡自动排队、发药机自动调配、药品上架自动叫号、患者至指定窗口取药一整套新流程，缩短了患者取药时间。（4）药学服务满意度：为提高患者满意度，成立了专门的满意度调查小组，每月对门急诊、住院患者、病区医护人员进行药学服务满意度调查，了解我们工作中存在的不足之处。并对调查数据进行分析，实现工作质量的持续改进。