南京医科大学第二附属医院儿童保健科的前身系江苏省儿童保健研究中心，开展临床医疗、保健、教学、科研工作，承担有国家级、省级自然科学基金研究项目，并参与国际多中心合作科研项目。儿童保健科倾心呵护着儿童的健康，促进儿童的早期发展。开设有：

生长发育门诊：建立信息化的儿童健康档案，定期进行健康检查和生长发育监测，动态观察生长发育水平，及时发现生长发育偏离儿童，骨骼健康监测，骨龄评估，身高管理；入托入园入学体检。

儿童营养门诊：营养不良、超重/肥胖、缺铁性贫血、维生素D缺乏性佝偻病、微量营养素缺乏、食物不耐受、食物性过敏疾病、铅中毒的防治等；针对儿童饮食问题进行专业的膳食营养及饮食行为评估和指导；母乳喂养指导、母乳营养成分分析等。

心理行为门诊：儿童心理行为发育评估，注意缺陷多动障碍、抽动障碍、学习障碍、孤独谱系障碍、语言障碍、情绪障碍、发育迟缓、智力障碍、睡眠问题/障碍等的筛查指导干预。

高危儿门诊：早产儿、低出生体重儿、新生儿窒息、缺氧缺血性脑病、颅内出血、感染、黄疸、运动认知发育落后、肌张力姿势异常等的随访及早期干预，遗传咨询等。

儿童针灸推拿门诊：针对小儿厌食症、营养不良、腹泻、便秘、反复呼吸道感染、过敏性鼻炎、发育落后、脑瘫、自闭症、抽动症、多动症、面瘫、遗尿等进行中医辨证、指导及治疗。

眼保健、耳听筛查、口腔防龋保健、髋关节发育筛查、先心筛查、经皮脉氧监测及经皮胆红素测定等。

儿童早期发展训练：开展父母课堂，进行喂养和育儿技能示范培训，家庭养育咨询指导，推广符合婴幼儿生长发育规律的最新的干预理念和模式。

康复训练：运动发育障碍、肌张力姿势异常、脑瘫、斜颈、孤独谱系障碍、语言障碍、注意缺陷多动障碍、抽动障碍、学习障碍、睡眠障碍等进行康复指导训练。