吉林大学第二医院药剂科，是集医疗、教学、科研为一体的大型综合性科室。负责吉林大学第二医院药品管理、药学技术服务、药事管理及以合理用药为核心的临床药学工作。作为吉林大学附属教学医院，药学部承担药学专业硕士、本科生的教学与毕业实习工作。2010年获批国家卫生计生委临床药师培训基地，负责临床药师学员带教培训工作。

科室现有员工83名，其中主任药师3名，副主任药师7名，主管药师26名。博士学历4名，硕士学历24名，本科学历28名。

科室带头人付秀娟主任，任主任药师，硕士研究生导师。兼职中国药学会医院药学专业委员会委员、中国医院协会医院药事管理专业委员会委员、吉林省药学会医院药学专业委员会主任委员、吉林省药学会常务理事。

吉林大学第二医院1936年建院(新京市立医院)时就设立了药局。2009年按照吉林大学的要求，药剂科改称为药品管理部(药学部)。药学部下设门诊药房、中草药房、住院药房、亚泰院区药房、青年院区药房、采购供应室、微机室、药库、药事管理组、临床药师工作组、临床药师培训基地、药学实验室等部门。

药学部坚持“以病人为中心、以合理用药为核心”的服务理念，药学服务工作与临床医疗工作紧密相联，充分发挥药师职能作用，促进临床合理用药，提升了医院临床用药水平。