长春市儿童医院小儿外科，成立于1979年，设有小儿泌尿外科、小儿骨科和小儿烧伤科三个专业。36年来的临床实践，36年来的危重救治，36年来的经验总结，特别是近10年来，通过高学历人才引进，顶级专家外请来院，北京、上海知名医院进修学习，医疗技术水平有了长足的发展，已经成为了省内相应专业的排头兵，个别专业齐名国内。
科室现有医生13名，主任医师3名，副主任医师3名，主治医师4名，医师3名。其中硕士研究生7名，博士研究生1名。护士14名，副主任护师1名，主管护师4名，护师7名，护士2名。
护理团队曾被卫生部评为“全国卫生系统优质护理服务先进科室”。科室拥有一批技术精湛的医护队伍，护理团队曾被卫生部评为“全国卫生系统优质护理服务先进科室”。首任科主任刘丙恩主任，第二任科主任翟成琦主任，第三任科主任杨超主任。科室设有病床25张。
除了疾病的常规治疗外，还开展了许多特色项目：
1、预约北京专家来院手术。
2、专利技术，治疗鞘膜积液和腹股沟斜疝。科室设计的免伤精索的内环穿刺缝合针获得国家专利，是腹腔镜下治疗鞘膜积液和疝气的关键器械。
3、闭合复位穿针治疗骨折，如髁上骨折、尺桡骨两端、指骨、掌骨等骨折。
4、弹性髓内针治疗长骨干骨折，如肱骨、尺桡骨、桡骨头颈、股骨、胫骨、腓骨骨折。
5、儿童性发育不良治疗，填补了吉林省男童外生殖器发育迟缓治疗的空白。三科探索无止境，四方来客一家人。
小儿泌尿外科：
小儿泌尿外科治疗泌尿系的各种短小、畸形、炎症、肿瘤和外伤，具有代表性的疾病主要包括肾积水、尿道下裂、隐睾、鞘膜积液、包茎、隐匿阴茎、睾丸扭转等疾病。牵手巨人，十年磨剑，技术水平达一流。
在当前的小儿泌尿外科领域，北京儿童医院重大手术的数量及质量国内首屈一指，还承担着全国各地疑难杂症的治疗，无疑是国内的最高水平，也代表着世界水平，是泌尿外科当之无愧的巨人。医院泌尿外科是在北京儿童医院的引领下发展壮大的。
科室创建之初，建科元老都是在北京儿童医院进修后才从事了相关专业。科室经历了从无到有，从小到大发展过程。但随着时间的推进，科室与北京的差距明显增大了，北京儿童医院已经成为了国内的龙头老大。
2002年，“北京儿童医院在长专家会诊中心”在长春儿童医院创立，使科室有机遇再次携手这一学界巨人。十年来，北京儿童医院泌尿外科四大知名教授先后来到医院。孙宁教授曾来医院进行指导，白继武教授、张维平教授、田军教授多次亲自指导，演示手术，并且已经常态化。
在北京儿童医院专家的悉心指导下，科室一直坚持不懈地努力，十年的磨难，十年的历练，医院泌尿外科的水平已经有了一个本质的跨越。肾积水和尿道下裂治疗的成功率往往代表肾脏疾病与尿道疾病的治疗水平，也是泌尿外科水平的标志之一。
目前，科室已经独立成功治疗了多例肾积水和尿道下裂病人，手术效果十分良好，还开展了双侧肾积水同时手术，成功救治了出现肾功能明显损害的双侧肾积水患儿。近年来，又成功完成了数例4个月左右的小婴儿肾积水的手术。肾积水治疗的成功率达到95%。
科室又新开展了治疗尿道下裂新的术式，使科室尿道下裂的成功率明显提高。尿道下裂的手术的成功率达到95%以上，还对尿道下裂治疗有许多独到之处，如术中只做留置导尿，不做膀胱造瘘，避免了患儿的痛苦，用支架管代替导尿管，减少了泌尿系感染，对大龄儿童采用局麻修补尿道瘘，对于常见的泌尿系的各种畸形、炎症、肿瘤和外伤，比如输尿管疾病、膀胱疾病、隐睾、鞘膜积液、包茎、隐匿阴茎、睾丸扭转等常见疾病的治疗，科室已是得心应手，效果满意。
科室还勇于创新，曾独创了探针尿道拨取结石取出术，减轻了小儿痛苦。不争的事实，辉煌的成果，标志着医院泌尿外科已处于省内领先水平，有些接近或达到了了国内的最高水平。
为了方便吉林省儿童的治疗，医院开展了北京专家预约在长手术项目，以满足那些要求预约北京专家做手术的儿童家长。对那些需要尽早手术而无法入住北京儿童医院的儿童，更是雪中送炭。预约北京专家在长手术可以得到与北京相同的手术效果，可以缩短预约时间，手术更及时，费用更节省，还可以避免折腾儿童，方便家人及亲友护理小儿，消除了了许多出门在外的诸多不便。
医院的泌尿外科水平也是北京儿童医院泌尿外科的水平。专利技术，无痛局麻，包茎手术痛苦少。手术器械和麻醉方法的改进是医院的特色之一，包皮环扎术自1994年由上海新华医院引进，并经获得新技术奖，自行研制的治疗小儿包茎的手术器械获2001年国家专利2项。目前使用新式包皮环的包皮环扎术，是治疗小儿包茎的主流术式。近年来，科室又独创了阴茎无痛局部麻醉方法。
经阴囊入路省略了腹壁下部的切口，仅在阴囊做一切口完成睾丸下降固定术，术后腹壁没有瘢痕。由于阴囊皮肤皱褶松弛的特殊构造具有掩盖作用，阴囊切口日后几乎看不出疤痕。隐睾治疗真正达到了手术无痕。
发明穿针，腔镜治疝，同时治疗隐性疝。随着医学的进步，微创治疗的范围越来越广，医院泌尿外科微创手术正是应运而生，并且发展迅速。科室设计的免伤精索的内环穿刺缝合针获得国家专利，是腹腔镜下治疗鞘膜积液和疝气的关键器械。科室已经开展了单孔腹腔镜技术，达到国内的最高水平。腹腔镜治疗鞘膜积液和腹股沟斜疝是目前的主流术式。
临床上将那些没有症状，但在腹腔镜下可以发现的内环口未闭，称作隐性疝。隐性疝随时可以发展为鞘膜积液或疝气，需要再次手术治疗。单侧鞘膜积液的传统手术无法发现对侧的隐性疝，也不宜盲目探查对侧。
腔镜治疗单侧鞘膜积液时，可以同时探查对侧有无隐性疝，如果存在隐性疝即可同时治疗，避免了二次手术。这是腹腔镜下治疗鞘膜积液的主要优点。再一个优点是手术损伤轻微。
手术经脐部入路，在腹腔内结扎开放的内环，不经过腹股沟，不会破坏腹股沟结构，不会引起阴囊肿胀。因为腹腔镜的放大作用，可以清晰的显示血管和输精管，缝扎时一般不会造成副损伤。缝扎内环口鞘突管时，不需破坏腹股沟区解剖，不损伤睾丸的血管和输精管，因而可以避免因神经血管损伤而导致的缺血性睾丸炎和睾丸萎缩。
小儿骨科：
小儿骨科以治疗先天性畸形和急诊创伤为主，包括先天性髋脱位，股骨头坏死、马蹄内翻足，膝内翻、膝外翻先天性肌性斜颈，多指（趾），并指（趾），先天性腱鞘狭窄、各种骨折、关节、软组织外伤等疾病。
心系孤残，救治脑瘫，髋脱位双侧同做。髋脱位的治疗是骨科水平的标志之一。科室的多位医生也分别在北京儿童医院小儿骨科，上海小儿医学中心骨科进修学习。科室治疗髋脱位的手术效果十分满意，不仅可以治疗普通的先天性髋脱位，还开展了年龄大、畸形重的髋脱位，复发性先天性髋关节脱位的治疗，特别是开展了双髋同时手术治疗髋脱位的手术，这是国内仅有为数不多的小儿骨科敢于开展的手术，标志着医院骨科治疗水平迈入了国内的先进行业。
近年来，骨科又开展了许多难度较大的手术，比如重度马蹄足的手术、脊柱侧弯的新术式，痉挛型脑瘫的手术、脑瘫合并的髋关节脱位、痉挛型脑瘫矫正术等手术、髋内收、膝内翻等。脊柱侧弯矫形术、脊柱融合术、先天性马蹄足、脑瘫患儿的周围神经切断术、肌腱延长转移术、畸形骨关节融合术、选择性脊神经后根切断术。
切口微小，髓腔穿针，骨折微创新时代。院里十分支持骨科的发展，引进了骨科研究生，派出医生赴上海进修，回院后逐步开展各种微创治疗骨折的手术，解决了长久以来骨科发展缓慢的局面，现又引进一名骨科研究生，科室目前现有5名骨科专业医生，3名是硕士研究生，1名博士生研究生，并有擅长手外科显微外科的研究生各有在北京、上海进修经历，骨科人员的整体技术水平显著提高。
医院骨科队伍逐渐壮大，配备了先进的C臂机，在手术中可以动态观察骨折的复位及固定情况，大大缩短了手术时间，减少了患儿的痛苦及手术损伤。更可喜的是，治疗儿童骨折治疗进入了微创新时代。微创手术将是治疗儿童骨折的大趋势，而微创手术的前提必须是在C臂机透视下进行。
微创治疗儿童骨折的优点是手术时间短、手术切口小、患儿痛苦少、术中损伤小、术后恢复快。由于微创治疗的开展，一年骨科的急诊手术已达100多例。开展的其他微创还手术包括微型钢板治疗大龄儿童锁骨骨折、小切口跟腱延长术等等。
断指再植，血管吻合，显微技术用途多。因为显微技术可以完成血管吻合、神经吻合，皮瓣转移，用途颇多，近年来医院又开展了显微外科。尽管科室已经全面开展各种骨科急诊手术，骨科急诊手术病人急剧增加，并以骨科创伤治疗为切入点，确立了小儿骨科在社会的影响，提高了科室知名度。
小儿烧伤科：
小儿烧伤科自1980年成立以来，经过近30年的发展，专业治疗水平有了飞速的发展，在小儿烧伤的治疗中处于省内先进水平，有些疾病的治疗已达到国内领先水平。
医院烧伤科是省内治疗小儿烧伤唯一的专科医院，设有标准的、正规的烧伤隔离病房，有先进的烧伤治疗设备，为患儿提供了最好的医疗环境，对患儿的康复十分有利。
小儿烧伤科20多年来收治各类烧伤病人2000余人，包括烧伤，烫伤，电击伤，吸入性损伤。其中重度烧伤占25%以上，既有出生仅仅4天体重不足2公斤的早产儿，也有烧伤面积超过75%的特重烧伤病人。
小儿烧伤有它的特殊性，病理过程与成人烧伤有着很大的差别，使小儿很容易发生休克、水电解质紊乱、酸碱平衡失调、创面感染、创面脓毒症等严重的并发症。在多年烧伤治疗的过程中，积累了丰富的临床经验，对重度烧伤休克的抢救，烧伤创面的处理，危重患儿的综合治疗均有独到之处，特别是对婴幼儿重度烧伤休克的补液更有独到见解，不仅可以使患儿平稳度过休克期，更重要的是避免或减少了因休克期过长引起的各种并发症。
科室有处理小儿烧伤创面的成功经验，包括非手术疗法和深二度、三度创面的削痂植皮，还开展了烧伤创面磨痂术，初步改善了烧伤创面的治疗现状。烧伤休克、感染、创面修复、营养代谢、后期的整形、康复是烧伤治疗的关键所在。
在小儿烧伤的治疗中，医院率先开展了腹膜透析治疗小儿烧伤脓毒症、多脏器功能障碍，获得成功，挽救了许多患儿的生命。
护理方面科室也有得天独厚的优势，对于创伤后全身有效循环血量减少，体表静脉充盈欠佳的情况下，医院护理人员能够准确、及时、有效的给患儿建立静脉通道，为挽救患儿的生命提供了必不可少的临床治疗技术。
高年资烧伤专科医生丰富的经验，加上在北京304医院烧伤科进修的研究生已经学有所成，成为烧伤综合治疗和创面处理的专业医生，也是烧伤专业的技术骨干。
瘢痕整的形治疗也迈上了一个新台阶。并且近年又开展了下列技术，如利用皮肤扩张器扩张皮瓣转移修复烧伤后难愈创面及瘢痕整复术，利用显微外科吻合血管游离皮瓣转移术，利用脱细胞异体真皮整复瘢痕及深度烧伤创面，自体皮移植修复烧伤创面、整复瘢痕治疗技术，开展头皮取皮，微粒皮植皮术。