南京明基医院呼吸内科，是重点发展科室。下辖有纤维支气管镜室，肺功能室，呼吸睡眠检测室.拥有YH-2000A多导睡眠监测仪，凯迪泰SW-SM2000多导睡眠监测仪，BF-260奥林巴斯支气管镜及超声支气管镜，PONY-FX便携式肺功能仪，MasterscrenDiffusion肺功能仪，各型有创及无创呼吸机。

不但能够诊治慢性阻塞性肺病、支气管哮喘、肺部肿瘤、肺部感染、气胸、胸腔积液等呼吸科常见疾病，而且擅长呼吸疾病重症监护、肺癌的综合治疗、呼吸睡眠暂停综合症。近3年平均年门诊量30000人次，年出院人数1600人。主任医师5人，主治医师3人，住院医师6人，其中博士学历2人，硕士学历3人。科室发表国内外论文10余篇。

呼吸内科设有60张常规病床，病房整洁明亮，均配有单独的卫生间、电话，使病人在住院期间能感受到家的温暖。透过医院的“主诊医生负责制”，门诊与住院病患与“主诊医师”建立紧密的沟通、长期随访并得到医生的关怀。