南京明基医院胸腔外科，是医院重点特色专科之一，科室人员配备合理，架构完整，专业素质高，正逐步发展成以胸腔镜微创为特色的胸腔疾病诊疗中心。

科内设置胸腔外科及心脏外科.拥有奥林巴斯电视摄像系统+光源一体机EXERAⅡcv-180、奥林巴斯气腹机UHI-3、Ethicon超声刀、人工心肺机尤斯特拉HL20、ACT监测仪、CONMED高频电刀、体外起搏器等设备，设置病床71张，拥有主任医师2人，副主任医师1人，其中硕士及以上学历8人.胸腔外科全年三四级重要手术占本科室手术总量的90%以上。

已经开展各种复杂食管癌根治术，复杂肺癌根治术，肺动脉、支气管双袖状切除术，复杂纵隔肿瘤切除术、各种电视胸腔镜手术、纵隔镜手术，诊治水平已经达到三甲医院重点专科要求。

最近几年荣获江苏省自然科学基金一项、南京市卫生局科研项目一项、南京医科大学学校基金四项。发表SCI论文5篇、核心期刊11篇。成功举办了第三届世界华人胸外科学术会议，获得了国内外同行专家的一致好评。

2011年底，南京明基医院胸外科被国家卫生部批准成为国家临床重点专科建设项目单位。