南京明基医院耳鼻喉科，为医院特色科室，由东南大学医学院博士研究生导师、南京医科大学博士研究生导师、硕士研究生导师、原北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科大科主任、原南京同仁医院耳鼻喉科学科带头人于振坤教授领衔，组建了包括13名高级职称医师、护师和14位博士、硕士在内的医、技、护完整团队，按耳科、鼻科、咽喉科、头颈外科四个亚专业学科设置，开展临床、教学、科研工作。

专科以精细化治疗为特色：耳科开展临床听力学中心、眩晕中心业务，包括耳内镜、显微中耳手术、电子耳蜗植入术等；鼻科则以鼻内镜外科技术为核心，开展鼻窦炎和鼻息肉的精细化治疗、过敏性鼻炎的免疫治疗、鼻颅底外科手术等；咽喉科设有嗓音中心和鼾症中心，开展创新性喉乳头状瘤切除术和环杓关节复位术，以及夜间鱼刺门诊等特色项目；头颈外科对早期头颈肿瘤进行以CO2激光技术为特色的微创治疗，对晚期头颈肿瘤以多学科MDT综合治疗提高病人的生存率和生活质量，在甲状腺精细化操作技术上具有代表性。

耳鼻喉科正在快速搭建医教研一体化的专业学术平台，努力建设成为有代表性的专科疾病诊疗中心和专业人才培养基地。