北京市肛肠医院内镜中心（内窥镜中心）成立于上世纪八十年代，是一个设备领先、技术力量雄厚，集检查、治疗为一身的临床科室。拥有主任医师、副主任医师、主治医师、主管护师等各种职称的技术力量。

已累计检查数万人次，出版了《大肠电子内镜诊断图谱》一书，获得多项国家专利。科室长期与北京大学人民医院消化内科和内镜中心专家协作，对消化道疑难病的诊断和治疗积累了丰富经验。
内镜中心面积达300平方米，设肠镜诊疗室、直肠镜室，胃镜治疗室，及内镜洗消室、复苏室、示教室等；拥有目前国内最新型高清胃、肠镜，放大内镜、染色内镜、超声内镜、胶囊内镜、海博刀、氩气刀等检查、治疗设备。
中心制定了一系列完善的操作常规、诊治流程和护理规范，确保内窥镜相关检查、治疗方案按照科学标准，严格实施。开展项目有：电子胃镜、无痛电子结肠镜、电子直肠镜、胶囊内镜检查。消化道早期肿瘤的内镜染色诊断；消化道息肉内镜下高频电切术；消化道早期肿瘤粘膜切除术及剥离术；消化道出血内镜下治疗；消化道良、恶性狭窄的内镜下扩张治疗；肠梗阻内镜下减压+引流术等。其中直肠镜检查是筛查直肠癌最常用、有效的方法之一，使用一次性镜管、不用预约，洗肠即查，检查后即出报告。内镜中心年检查患者近两万例，为患者提供了方便、快捷、有效的特色服务。