南京医科大学附属江宁医院普外科专科基础扎实，技术力量雄厚，培育了几代江宁普外专业领域的名医及学科带头人，积累了丰富的临床经验，形成了精益求精、乐于奉献的优良传统。
普外科现有专科医生60名，其中主任医师10名，副主任医师17名，主治医师16名；博士6名，硕士33名；硕导3名。专科人才梯队合理，亚专科建设完备，设有肝胆胰外科、胃肠胰外科、甲乳外科，血管外科、肛肠外科、腹壁疝外科等。共开设五个病区，床位135张，主要开展肝胆胰脾、胃、小肠、结直肠、甲状腺、甲状旁腺、乳腺、周围血管等器官疾病的诊断和手术治疗。
肝胆胰外科
肝胆胰外科是南京医科大学普外科硕士点，拥有专科医生18名，其中主任医师5名，副主任医师4名，主治医师6名；博士研究生2名，硕士研究生12名；硕士研究生导师2名。拥有211东、211西两个病区，开设床位92张。专科常规胆内外胆管胆囊结石的微创手术，开展肝脏肿瘤精准肝切除、肝门部胆管癌根治、胰十二指肠切除等复杂肝胆胰外科手术。
肝病中心：以南京医科大学王学浩院士牵头开展各种肝病治疗。
肝脏肿瘤：通过与上海东方肝胆外科医院合作，常规开展包括各类肝脏良恶性肿瘤，如原发性肝癌、转移性肝癌、肝海绵状血管瘤等的综合治疗。对于可切除肝癌，采取以手术切除为主，经肝动脉化疗栓塞、经门静脉化疗、免疫治疗、分子靶向治疗等相结合的综合治疗方案，有效地降低了肝癌术后复发率，提高了5年生存率；对于不能手术切除的原发性肝癌、小肝癌、术后复发性肝癌、转移性肝癌等，进行经肝动脉化疗栓塞治疗、经门静脉化疗治疗、多电极射频消融、无水酒精注射治疗、放射治疗及生物靶向治疗，有效地延长了患者的生命，提高了生活质量。
保胆手术：科室专注胆石病及胆囊息肉病变的防治工作，开展微创保胆基础和临床研究，在严格掌握适应症的前提下提倡理性保胆，依托先进的设备和精湛的技术，开展并即将开展“微创硬质胆道镜保胆手术，微创软式胆道镜保胆手术，单孔腹腔镜保胆手术，针孔腹腔镜保胆手术（隐瘢痕手术）。术后长期随访，提供包括保持健康的生活方式、饮食指导、药物治疗等全方位指导。
胃肠胰外科
现有床位46张，专科医生11名，其中主任医师1名，副主任医师4名，主治医师2名;博士3名，硕士2名，开设胃肠胰专科门诊。科室牵头联合消化内科、病理科、介入科、影像科、肿瘤科、放疗科成立胃肠道恶性肿瘤的多学科诊疗模式(MDT)。专科主要开展胃肠道恶性肿瘤根治性手术，腹腔镜辅助胃肠恶性肿瘤根治手术、双镜联合胃肠肿瘤根治手术、胃肠恶性肿瘤术前新辅助化疗和术后辅助化疗、腹腔热灌注化疗、射频治疗、以及晚期胃肠恶性肿瘤的综合治疗。拥有STORZ腹腔镜、国产冷极射频消融机、体外高频热疗机、放射性粒子植入设备以及TPS系统，热循环灌注化疗机以及各种个体化给药电子装置。定期门诊胃肠道肿瘤MDT专家会诊，为胃肠道恶性肿瘤患者讨论制定个体化治疗方案。
腹腔镜辅助胃肠恶性肿瘤根治术 与传统开腹手术相比，腹腔镜胃肠手术有一些无法比拟的优势：组织创伤小，肿瘤根治彻底，手术并发症少、恢复快等。2012年以来，该科开展腹腔镜辅助胃肠恶性肿瘤根治术。
晚期胃、结直肠癌的转化治疗 通过对晚期不可除的胃、结直肠癌分期分层的新辅助放化疗及分子靶向治疗，转化为可手术根治或分期手术切除。
NOSES在完全腹腔镜下结直肠癌根治术的应用 NOSE（经自然腔道取标本）法因腹部无伤口，患者不再担心伤口疼痛和伤口裂开，敢于早期下床活动和有效咳嗽，促进胃肠蠕动和避免肺部感染，可减轻患者腹胀症状，有利于早期进食进行肠内营养，加速康复过程。
甲状腺乳腺外科
甲乳外科现开设床位26张，专科医生12名，其中主任医师2名，副主任医师3名，主治医师2人；博士研究生2名，硕士研究生4名。医院作为江苏省卫建委中德“银发项目”全省首个实施医院，德国知名乳腺外科专家Iris Czybulka Jachertz教授在甲乳外科工作5年。
甲乳外科常规开展甲状腺乳腺常见病、多发病及疑难疾病的诊断与治疗。开展的甲状腺及乳腺良性肿瘤的射频消融术，甲状腺癌根治术，甲状腺及乳腺肿物穿刺活检及相关基因检测，Miccoli腔镜辅助下甲状腺癌根治术，乳腺癌保乳术，乳腺前哨淋巴结活检术，乳癌改良根治术，乳腺良性肿瘤微创旋切术，是该科优势技术项目。
血管外科
血管外科主要开展大隐静脉高位结扎点式剥脱并结合泡沫硬化剂与激光闭合术的综合微创治疗、下肢深静脉血栓综合治疗、下腔静脉滤器植入及取出术、下肢动脉硬化闭塞症的介入及开放手术治疗。拥有德国博时动脉硬化检测仪（ABI-system100），开展四肢动脉硬化检测项目。
肠瘘外科
肠瘘外科开展肝、胆、胰、胃、肠、食管瘘的诊断治疗，并开展腹部重症创伤、腹腔重症感染病人的诊断治疗。
普外科综合病区（鼓山路院区）
普外科综合病区位于鼓山路院区，开设肝胆专科、疝外科、肛肠外科等亚专科，并承担鼓山路院区急诊外科急危重病人的救治工作，开设床位49张，科室现有专科医师14名，其中主任医师4名，副主任医师5名，主治医师5名；硕士研究生5名，有合理的人才梯队和优质的医护团队。
肝胆专科
主要治疗肝胆胰脾等器官的相关疾病。
腹壁疝外科
以先进的微创技术结合现代疝外科理念，治疗成人各种疝气，如：腹股沟疝、脐疝、白线疝、切口疝、造口旁疝等。
肛肠外科
主要治疗痔疮、肛瘘、肛周脓肿、肛裂及结直肠肿瘤相关疾病及微创手术治疗。