中南大学湘雅三医院胃肠外科，由胃肠外科Ⅰ科和胃肠外科II科构成。
胃肠外科Ⅰ科
前身是普外二科10病室，成立于1999年。2006年，医院新外科大楼落成后，普外二科整体搬迁到新外科大楼17楼，下辖2个病区（32病区和33病区）和2个内镜室（乳管镜室和肠镜室）。2017年2月，因医院专科发展需要，胃肠外科独立成科，编制床位52张，下辖1个肠镜室。主要收治胃肠道良恶性肿瘤、肠梗阻、胃食管反流病等胃肠道疾病，年接诊人次25000例以上，年收治住院病人2500人次以上。
胃肠外科Ⅰ科是集临床、教学、科研为一体的现代化、专科化、人性化科室，是国家卫健委临床重点专科、国家教育部重点培育学科、中国医师协会肛肠医师分会副主委单位、中华医学会湖南省分会胃肠外科学组挂靠单位、湖南省老年医学会肠梗阻分会主委单位、中南大学腹部外科研究室挂靠单位、中南大学肠梗阻诊疗研究中心挂靠单位。
科室拥有固定床位52张，加床6张，在编医护人员38人（医生16人，护士19人）。其中医师队伍含正高3人，副高6人，主治医师5人，经治医师2人，博士化率为100%；护理团队本科及以上学历100%。科室医护团队综合素质高、人才梯队结构合理，先后多次获医院“患者满意病房”、“优秀护理单元”、“无钢针示范病房”、“护理服务先进病房”、“医疗质量安全效率优秀科室”等。除此之外，胃肠外科还有配套有1个肠镜室，方便随时开展胃肠道内镜相关检查和治疗。
胃肠外科推崇以患者为本的治疗理念，积极开展医疗新技术。
目前科室主要开展的技术有：达芬奇机器人系统辅助下和腹腔镜辅助下胃肠道肿瘤微创治疗手术（NOTES、TaTME）、肠梗阻导管治疗技术、肠梗阻支架治疗技术、胃食管反流外科综合治疗技术（抗反流磁环植入术、胃底折叠术、食管裂孔疝修补术等）、腹腔镜疝微创治疗技术、肛门疾病综合治疗技术、单孔腹腔镜阑尾切除术等。科室微创手术率超过90%，所有患者在围手术期均按照术后快速康复治疗理念进行治疗。
在教学方面，为全国培养了大量的优秀硕士研究生、博士研究生，其中包括多位全国高等医学院校临床技能竞赛特等奖、湖南省优秀博士学位论文和中南大学优秀博士学位论文获得者、中南大学优秀毕业生。
在科研方面，近10年连续获得4项国家级课题，1项湖南省重点课题，近20项湖南省课题，先后在Molecular Cancer（3篇）、Cell Death & Disease（2篇）、EbioMedicine、British Journal of Cancer、ACS Applied Materials & Interfaces（2篇）等高影响力杂志发表论文近百篇，其中IF>10论文7篇，IF>20论文4篇，单篇IF值最高为41.444。
胃肠外科II科（机器人及减重代谢外科）是国家重点学科（培育）、国家重点临床专科，湖南省医学会胃肠外科学组和中南大学腹部外科研究室的挂靠单位。现有教授3人、副教授5人，主治医生7人，其中博士生导师1名、硕士研究生导师6人。在学科带头人朱晒红教授带领下，胃肠外科II科厚积薄发，形成综合实力全面、专科特色特出（手术机器人、减重代谢外科）、拥有硕、博士点的集医疗、教学、科研三位一体在国内有广泛学术影响的现代化医疗团队。
先后主持国家863计划子项目，国家自然基金重大项目，教育部科学技术研究重点项目、科技部国家重点研发专项，并获卫生部临床学科并重点项目2项、国家自然科学基金项目7项，省级科研课题20余项。发表学术论文200余篇，专着5部，获国家级、省部级科研奖6项。并担任中华医学会外科分会甲状腺与代谢外科学组副组长、中国医师协会外科医师分会肥胖与糖尿病外科医师委员会候任主任委员、中华医学会肿瘤分会腹膜后肿瘤委员会委员，等国内重要学术职务20余项。
胃肠外科II科
现有编制床位52张，科室以手术机器人研发、应用为基础，是国内唯一一家同时拥有进口达芬奇手术机器人、国产“妙手”手术机器人单位，熟练运用机器人开展胃肠及相关疾病手术。目前设有肥胖代谢性疾病、胃结直肠疾病、疝与腹壁疾病以及腹膜后肿瘤四个具有特色亚专科方向，并积极开拓临床新技术，如反流性食管炎、胃内水囊等技术，为患者提供优质、全面治疗策略。年收治胃肠相关疾病2000余例，开展各种手术1500台以上。并开设胃肠、疝常规门诊，肥胖与糖尿病特色门诊。
专科特色
该科主要收治病种包括肥胖和代谢性疾病、胃结直肠疾病、疝与腹壁疾病以及腹膜后肿瘤。
一、肥胖和代谢性疾病
该科是中华医学会外科分会甲状腺与代谢外科学组副主任委员单位、中国医师协会外科医师分会肥胖与糖尿病外科医师委员会候任主任委员单位。是中国肥胖代谢外科培训中心及中国减重及代谢外科临床医学研究中心，承担中南地区医师资格能力培训和临床研究工作。
是国内最早开展减重代谢手术治疗肥胖症与2型糖尿病单位之一，年手术量超200台，并指导多家医院开展减重与代谢外科手术，能够开展内镜下水囊置入、腹腔镜袖状胃术、腹腔镜胃旁路术，腹腔镜袖状胃切除+单吻合口十二指肠回肠旁路术等多种减重代谢手术。
相关研究已经获得4项国家自然科学基金资助，发表论文50余篇，多项临床研究成果已在世界肥胖外科协会（IFSO）和美国代谢与肥胖外科协会（ASMBS）交流，在国内外具有较强影响力。在手术适应症探索、手术疗效判定等方面完成一系列重要成果，主持、参与制定《中国肥胖和2型糖尿病外科治疗指南》及《2型糖尿病代谢手术术后管理中国专家共识》等行业规范。
二、胃、结直肠肿瘤
结合科室为国产手术机器人临床研发单位优势，常规开展以机器人（第三代技术）和腹腔镜技术（第二代技术）为代表的胃、结直肠微创手术，包括微创结直肠癌根治性手术和扩大根治术、结直肠肿瘤经自然通道（NOSES）手术、经肛全直肠系膜切除（TaTME）手术、微创低位直肠癌保肛手术、早期直肠肿瘤的经肛门局部切除术、胃部分切除术和全胃切除术。
同时，科室开展多种疑难和高难度手术，包括局部晚期结直肠癌、胃癌联合脏器切除手术、结直肠癌肝转移一期切除手术、结直肠癌保留功能（排便功能、排尿功能、性功能）手术、家族性息肉病的手术治疗、复发性结直肠癌的手术治疗等。始终坚持以国际标准和个体化相结合的治疗原则，重视规范化手术，开展直肠癌MDT（多学科团队）综合治疗，促进病人快速康复，提高病人的生活质量和生存获益。
三、疝与腹壁疾病
诊治包括腹股沟疝、食管裂孔疝、脐疝、切口疝、造口旁疝、腹壁肿瘤、腹壁缺损等疾病。目前主要采用微创腹腔镜疝修补手术和开放无张力疝修补手术。开展局麻下的开放手术，简单、快捷、经济，特别适用于合并各种心脑血管疾病的年老体弱患者；开展腹腔镜手术微创手术，患者术中无不适感，术后疼痛轻、恢复快、局部异物感少、复发率低，特别适合于双侧腹股沟疝和复发性疝。
四、腹膜后肿瘤
该科是第一部中文版专着《腹膜后肿瘤》（人民卫生出版社）和第一部英文版《腹膜后肿瘤》（Springer）的参编单位，在《The American Journal of Surgery》等SCI期刊发表多篇相关论文。腹膜后肿瘤位置深在，与周围重要血管、神经及脏器关系密切，手术难度极大。有时需要行多脏器整块联合切除术，处理起来非常棘手。该科重视手术前的评估、手术方案设计以及完善的手术前准备，为来自全国各地的疑难危重腹膜后肿瘤病人实施手术。