苏州大学附属儿童医院感染性疾病科，成立于1992年，2006年独立组建病区，由感染性疾病病区、发热专科门诊、小儿传染病教研室及理疗科共同组成。目前有专业医护人员30余名，其中主任医师2名，副主任医师2名。本专业主要诊治小儿感染性疾病，如手足口病、麻疹、水痘、流行性腮腺炎、小儿肺炎、发热待查等，是苏州市重症手足口病唯一定点诊疗科室，江苏省卫生厅指定的苏锡常地区唯一的手足口病进修培训基地。病区有床位38张，每年收治2400余人次，专科门诊每年诊治三万余人次，治愈好转率达99%以上。感染性疾病科承担苏州大学小儿传染病教学任务，承担了医疗系、儿科系、护理系、海外留学生的小儿传染病的教学、见习、实习带教工作。