四川大学华西第二医院新生儿科创建于1973年，是国内最早成立新生儿专科的医疗单位之一，是四川省唯一的国家临床重点专科（新生儿科）。经过近半世纪的发展，学科整体水平居全国领先，是全国仅有的同时拥有“国家杰出青年基金”、“教育部创新团队”的新生儿学科单位。
覆盖西部地区的新生儿转运体系已运行十余年，转运危重新生儿数千例，是目前西部地区设备最先进、医疗护理技术力量最雄厚的危急重症新生儿救治中心和转诊中心。
2010年新生儿科“早产儿支气管肺发育不良防治体系的建设与完善”获卫生部临床重点学科项目资助，2011年获得国家临床重点专科建设项目，同年成为四川省首个新生儿护理专科护士培训基地，2015年新生儿科“高危早产儿综合救治平台及转诊体系建设”获国家财政项目资助。
2018年被中国医师协会认定为“全国首批新生儿围产期医学专科医师规范化培训基地”。2021年被国家卫生健康委妇幼司确定为第一批国家新生儿保健特色专科单位。
新生儿科学科带头人母得志教授是博士生导师，国家杰出青年科学基金获得者、国家卫生计生突出贡献中青年专家、国务院政府特殊津贴获得者、《儿科学》国家精品课程负责人、“国之名医优秀风范奖”、“中国儿科医师奖“和”中国新生儿科医师奖“获得者、四川省卫生计生首席专家、四川省学术和技术带头人、四川省突出贡献专家、中华医学会儿科分会副主委、中华医学会围产分会副主委、中华医学会儿科分会新生儿学组副组长、中国医师协会新生儿科医师分会副会长、住院医师培训专委会副主任委员。
四川省医学会新生儿学组组长、四川省医师协会儿科分会会长等；现任《中华妇幼临床医学杂志》总编，《中国当代儿科杂志》、《中华实用儿科临床杂志》、《中华新生儿科杂志》、《临床儿科杂志》、《中华围产医学杂志》、《国际儿科学杂志》副总编，《ScientificReport》、《WorldJournalofPediatrics》及《中华儿科杂志》编委。主编、主译及参编儿科专著16部。
培养硕士、博士研究生50余名。新生儿科人才队伍和技术力量雄厚，现有在编医师36名，其中正高级职称人员12名（含3名退休返聘教授），副高职称4人，医生100%具有硕士以上学位，80%以上具有博士学位及海外留学或访问经历。同时有呼吸治疗师3名。科室多位骨干人员担任国际、全国和省市学术团体学术职务。新生儿科现有国家卫生计生委突出贡献中青年专家1人，四川省学术技术带头人2人，四川省突出贡献的优秀专家1人，四川省卫生计生首席专家1人、领军人才1人，四川省卫生计生委学术技术带头人8人，四川省学术技术带头人后备人选8人，四川省卫生计生委学术技术带头人后备人选4人。
同时，新生儿科开展新生儿神经、新生儿呼吸、新生儿临床药理、新生儿感染、新生儿营养等多亚专业科学研究，科研成果丰硕。在师资条件方面，新生儿科作为新生儿专业硕、博士学位授予点及博士后流动站，有博士生导师5名，硕士生导师14名（含4名博导）。近五年来毕业博士生20余名，毕业硕士生50余名。
新生儿科经过数十年的发展，医疗技术和科研居于国内一流水平。新生儿科分设华西院区及锦江院区（2018年7月新运行）两个病区，建筑面积3000平方米，设置有新生儿重症监护病房(NICU)及普通新生儿病房，编制床位数307张，其中NICU133张，外科12张。
拥有进口多功能暖箱、床旁生命体征监护仪、中央监护系统、常频及高频呼吸机、nCPAP、nHF、BiPAP、NIPPV和无创高频等系列无创呼吸机、一氧化氮治疗仪、危重新生儿转运系统、床旁重症神经监护单元、肺功能监测仪、空氧混合仪、吸入氧浓度监测仪、微量血气分析仪、血流动力学监测仪、脑功能监测仪、经皮氧分压及二氧化碳分压监测仪、新生儿眼底筛查系统、先心病筛查系统、亚低温治疗仪、LED光照治疗仪、光纤毯，自动听性脑干诱发电位仪、床旁X光机和床旁B超等设备。
2020年新生儿科年收治病人5000余人，危重新生儿占94.8%以上，其中70%以上的患儿为其他各级医疗单位宫内转运或生后转诊的疑难、危重病儿，抢救成功率99.7%。多年来对危重新生儿及早产儿的救治及护理管理积累了丰富的临床经验，达到国内一流水平。
锦江院区11楼新生儿外科病房从2019年11月20日开始运行，一年收治外科患儿150余例，主要开展肠闭锁/肠梗阻、食管闭锁、先天性肛门闭锁、先天性肠旋转不良、肥厚性幽门狭窄、先天性膈疝、声门下狭窄/声门成形术（喉镜）、先天性脐膨出、新生儿肠穿孔等新生儿外科手术。新生儿科也是国内最早引入呼吸治疗师参与临床救治工作的单位之一，对心肺功能异常或不全的患儿运用专业手段给予评估、治疗和指导及肺康复治疗。提高了危重新生儿的救治成功率，降低了呼吸支持治疗的并发症。
高危新生儿转运系统配备了进口暖箱、呼吸机、监护仪等设备，辐射半径达300余公里，基本能够涵盖全省绝大多数人口稠密的地区。新生儿科从成都周边地区以及广元、自贡、南充、内江、德阳、绵阳等城乡转运的高危新生儿均得到了及时救治；还收治了许多来自西藏、甘孜、阿坝、凉山、云南及贵州的少数民族患儿，为广大基层医院提供了强有力的技术支持。
此外，新生儿科联合产科开展围产一体化建设，将NICU前移至产房，开展由专业转运团队实施的高危新生儿从产房到NICU的无缝连接院内转运，年转运量近700例，加强早期脑保护及肺保护策略并行，在国内率先引入呼吸治疗师团队进行专业化管理，开展多种辅助通气技术及呼吸功能监测新技术，开展发展性照顾，降低早产儿脑损伤发生率，率先开展NICU自体母乳库并进行相关研究，推行早产儿精准药物治疗及个体化管理等。近年来，住院患儿死亡率下降近10倍，极低和超低儿存活率达国际先进水平，也极大改善了高危新生儿的预后。
同时新生儿科在医院的统一协调下不断开展多学科合作。近年来新生儿科与小儿心血管内科合作，成功开展了多例早产儿先心病介入术、巨大颈部淋巴管囊肿介入术；与小儿呼吸免疫科合作开展早产儿床旁纤支镜检查，与小儿消化科合作开展早产床旁胃镜检查，与小儿肾脏科合作开展新生儿透析治疗。
新生儿科还与华西医院小儿外科合作进行新生儿外科病人的围手术期管理，与华西医院眼科合作开展早产儿眼底视网膜病变筛查及手术转诊，与华西医院心血管科合作进行新生儿危重先心病筛查及转诊等。
科室与药学部合作，在国内率先引进临床药师参与新生儿科临床诊疗工作。新生儿科现已初步建立新生儿临床治疗药物浓度监测体系，对新生儿期常用药物，如苯巴比妥、氨茶碱、地高辛等药物进行常规药物浓度监测。通过科学合理选药，治疗过程中严密监测药物效果及不良反应，最大程度保障每名危重新生儿的用药安全。
科室崇尚学术，注重学科发展，科研水平居全国前列。科室创始人唐泽媛教授，在全国率先成立了巨细胞病毒研究室，在巨细胞病毒感染方面进行了深入的开拓性研究，在国内首次报道了育龄期妇女巨细胞病毒感染率、先天性巨细胞病毒感染的母婴传播途径，建立了巨细胞病毒感染的早期诊断标准，其成果获四川省科技进步奖2项。
现任学科带头人母得志教授带领的新生儿科团队近年来主要围绕发育期脑损伤的修复重建开展相关研究，学术成绩斐然。近年来共发表论文近600篇，其中在国外SCI刊物上发表论文150余篇；共获近100项各类科研课题资助，其中国家级科研项目40余项，包括国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目，国家自然科学基金青年科学基金项目，教育部创新团队基金、博士点优先发展领域基金及科学技术研究重大项目，“美国心脏病协会”基金等。共参编/主编专著27部。
获国家级及省部级奖项10余项：包括国家科技进步奖二等奖、全国妇幼健康科学技术一等奖、中华医学科技奖二等奖（2项）、四川省科技进步一等奖（2项）、四川省第八届高等教育优秀教学成果一等奖、华夏医学科技奖三等奖、四川省医学科技一等奖、四川省医学科技奖一等奖、四川省医学科技青年奖一等奖（2项）、二等奖等。
新生儿科有“发育期神经损伤与修复研究室”和“肺发育与疾病研究室”，及“围产医学实验室”。
其中，“发育期神经损伤与修复研究室”成立于2004年，主要运用发育期神经损伤动物及细胞模型、分子生物学和细胞生物学的等多学科理论、手段与技术，以发育期神经损伤机制、神经修复药物筛选及转化医学研究、脑损伤早期诊断标志物筛选及试剂盒研制、儿童疾病与生物节律相关性为主研方向，紧密结合临床实际，致力于发育期神经损伤机制及早期干预策略的前沿性研究。本团队现有科研人员6人，其中教授1人、研究员1人、副研究员2人、助理研究员2人，近五年培养硕、博士研究生60余名。
近年来，新生儿科培养博士生、硕士生80余人，其中许多已成为我国新生儿科领域知名的学术骨干，并在国内多家医疗单位担任院长和主任等行政职务，为我国新生儿科学的发展和人才培养做出了巨大贡献。新生儿科现有国家卫生计生委突出贡献中青年专家1人，四川省学术技术带头人2人，四川省突出贡献的优秀专家1人，四川省卫生计生首席专家1人、领军人才1人，四川省卫生计生委学术技术带头人8人，四川省学术技术带头人后备人选8人，四川省卫生计生委学术技术带头人后备人选4人。
新生儿科先后派医生、护理骨干到国内外知名院校进修上百余人次。承担医学院本科生、八年制及留学生的课堂讲授及临床见习、实习。是儿科及新生儿规范化培训住院医生、新生儿专科护士及新生儿专科进修生的培训基地，近年来举办国家及省级继续教育项目数百项。同时，培养进修医护人员上千名。生源地涵盖西藏、安徽、云南、贵州等23个省市自治区的三级医院。
科室派出专家多次赴基层医院进行卫生支援，特别重点支援甘孜藏族自治州色达、新龙县高海拔地区（平均海拔4000米以上）、以及川内一些等老、边地区医院；同时派出科室骨干人员对口支援甘孜州人民医院、万源县人民医院、资阳市雁江区妇幼保健院等医院，技术帮扶、驻派学科主任、护士长，协助其发展新生儿病房。同时，科室进行远程会诊、危重患儿转运，并通过电话、微信平台、电子邮件等多种方式开展远程指导，保障下级医院医疗活动的安全开展。