西南医科大学附属中医医院肛肠外科是四川省中医药管理局重点专科，硕士研究生培养科室。现有医护人员27人，专业医师10人，其中中高级职称7名，中级职称4名，硕士研究生7人。
科室主要开展肛门及胃肠常见病、多发病诊治及预防及科研工作，特别是采用腹腔镜微创技术治疗大肠癌方面取得了突破性进展，目前科室已开展腹腔镜直肠癌切除、腹腔镜乙状结肠切除、腹腔镜左半结肠切除、腹腔镜横结肠切除、腹腔镜右半结肠切除、腹腔镜全结肠切除、双镜联合（肠镜与腹腔镜联合大肠肿瘤切除手术）等手术方式，并善于治疗低位直肠癌，最大限度保留肛门。
另外科室拥有最新的日本PENTAX结肠镜及放大结肠镜及电平台工作站，主要开展了色素内镜检查技术、无痛肠镜，内镜下息肉高频电息肉电凝、圈套、EMR（内镜下黏膜剥离术）治疗以及早期肿瘤ESD（内镜下早期肿瘤黏膜下剥离术）治疗，下消化道出血急诊内镜止血术、狭窄扩张等技术。
科室服务理念：“肠”期不懈，周“道”服务