南充市中心医院药剂科始建于1937年组建的四川省立南充民众教育馆卫生所设药房；1949年改为四川省立南充医院药房；1952年成立药局；1959年组建中药房，之后合并为药剂科。1990年组建临床药学室，2006年成为第二批卫生部临床药师培训基地，2011年更名为药剂科并设置临床药学科。
2017年药剂科机构设置二次改革，设置四个二级科室：药品调剂科、药品供应科、临床药学科、药品质量监控科。同年，获批国家药物临床试验机构和四川省医疗机构药师规范培训基地。
2018年获批个体化药物治疗南充市重点实验室。2019年成为首个获批四川省医学甲级重点专科（药学）立项建设的地市级医疗机构。经过80余年的建设发展，药剂科已发展成为集临床、科研、教学三位一体的综合性科室，并成功跨入全省医疗机构药学一流学科行列。
二、人才梯队建设
药剂科现有专业技术人员92人，其中高级职称专家21人，硕士生导师2人，博士2人以及在读博士5人，硕士29人，硕士及以上学位人员占比34%。有4人分别在国家级学术专委会中担任常委、委员职务。
13人分别在省、市学术专委会中担任副主任委员、理事长、常委、委员等职务。2人分别在《中国药房》、《中国药业》和《西部医学》杂志担任编委。
1人担任四川省卫生高级专业技术职称评审专家、四川省等级医院评审专家。药剂科近几年加大人才培养力度，先后培养在职攻读硕、博学位8人。选派10余人次到国内一流大型医院进修学习。
三、推进多种药学服务模式创新转型
药品零加成后，医院药学学科发展面临前所未有的挑战与压力，传统药学服务模式与国民日益增长的高质量医疗需求之间的矛盾与冲突日益加剧。
药剂科审时度势，聚焦“改革”，创新前行，转型发展，通过实施临床路径用药合理性审核、处方前置性审核、精细化处方医嘱点评、病区药品精细化管理、推行“品管圈”与“6S”管理、建立互联网+与传统药物咨询交互平台、构建精准药物治疗新模式、创建国家药物/器械临床试验机构、大力推进制剂研发与转化等九项药学服务模式转型措施。
药剂科在医院药事职能部门的地位得以确认和提高；在医院话语权得以提高；学科发展得到医院领导重视；软件硬件设施得到极大改善；人才梯队建设更加合理。
四、科研、教学与实验室建设
近几年药剂科提出了科研“一、二、四战略”，通过提升科研创新能力，进而助推学科发展跃上一个新台阶。创建了“个体化药物治疗南充市重点实验室”，成为南充市首批市级重点实验室中唯一一家医疗机构，为科研创新提供了强有力的平台支撑。
构建起了“基于经典名方治疗慢病的新制剂研发”2大研发平台，均获得南充市市校合作战略项目重要研发平台立项，共计获得科研经费35万元支持。同时，确定四个重点研究方向，确保了科研方向的延续性、整体性与一致性，构建起高效的科研团队，锻炼了科研队伍。
近3年药剂科先后获得了南充市促进健康产业发展重大专项、南充市市校科技战略合作重大研发平台和重要技术攻关等重大专项科研立项。完成省部级、厅级科研项目7项，主持在研科研项目41项，其中省部级科研5项，厅级、市级科研项目36项。
累计获得科研经费300多万元（含配套经费）。共计发表论文42篇，其中SCI论文19篇（最高影响因子8.537），中文核心期刊及统计源期刊43篇，申请专利5项。结题药物（器械）临床试验项目8项，在研项目15项（国际多中心III期2项在研）。
先后获国家新药证书1项，国家发明专利2项，四川省科技进步三等奖1项，四川省卫生厅科技进步二等奖1项，南充市科技进步三等奖2项，四川省预防医学会药物应用安全科研（孵化）项目优秀奖1项。
与此同时，药剂科还是4所高校药学及临床药学本科实践教学基地、川北医学院药学院硕士研究生培养单位，国家卫健委临床药师培训基地和四川省医疗机构药师规范化培训基地。
近3年累计接收138名本科实习生，招收硕士研究生4名，培养国家卫健委临床药师学员43名和临床药师进修学员14名，培养医疗机构药师规范化培训学员38名。形成本科—硕士—职业继续教育较为完备的教学体系。
五、取得荣誉
近几年先后荣获，“国家精准医疗集成应用示范体系”示范单位、中国医院协会“第二届全国医院药事管理优秀奖”和“临床药师带教之星”称号，卫生部和中国医师协会颁发的“2011年度中国医院协会医院科技创新奖”二等奖，四川省医院协会“药剂科管理优秀奖”和“药事管理优秀奖”，四川省个体化药物治疗联盟副理事长单位，四川省模范职工小家、南充市技能人才创新工作室。连续4年荣获四川省药品不良反应监测“先进单位”，连续10年获得南充市药品不良反应监测工作“先进集体奖”。多次获得西南医科大学、川北医学院教学先进单位。
未来药剂科将以更大的改革和创新力度，持续推动药物服务模式的深度转型和科研水平提升，从而将药剂科建设成为川东北区域性的个体化药物治疗研究与转化中心、药物器械临床试验中心和临床药师培训中心，研发2-3个拳头型新制剂，并投入生产。