兰州大学第二医院药学部是集药学科研、教学、制剂生产、药品供销以及药学服务为一体的大型专业科室，现有职工100名，其中，主任药师6名，副主任药师15名，中级职称24名，博士研究生3名，硕士研究生8名，甘肃省“555”人才工程第二层次人选2人，甘肃省卫生厅领军人才2名，药学专业技术人员占全部人员的90%。

下设4个科10个室（房），4个科为临床药学科、药物研发科、药品调剂科和药品采购科，10个室为住院部药房、门诊西药房、中药房、儿童医院药房、急救中心药房、普通制剂室、药物分检室、临床药学室、中药制剂室和中西药库房。拥有多台高效液相色谱仪、血药浓度测定仪、紫外分光光度仪等设备，能测定12种以上的血药浓度，为临床个体化用药提供依据，促进合理用药。

药学部发展的宗旨是：以科研为先导，以临床药学为中心，全力服务临床、服务病人。

药学部目前的主要工作是在保证药品生产，供应、调剂的基础上，积极开展临床药学及新制剂开发工作。为促进合理用药，保障用药安全，每月随机抽取全院一定比例的出院和在院病历，对其进行合理用药分析，按比例随机抽取门诊处方进行点评，提出意见并反馈临床；同时，选配临床药师下临床，与医师共同参与查房，探讨合理使用药物，保证病人的用药安全，起到了很好的效果。

现在，药学部能进行10余种药物的血药浓度监测，为临床准确、合理安全、个体化用药提供了有力保障。近五年来，药学部努力在制剂开发、科研方面有所突破，共发表SCI论文20余篇，国家级科研论文120余篇，省级三等奖2项，市厅级二等奖8项，三等奖10项，科研立项6项，正在开发的药物制剂3项，目前在部里就读的硕士研究生10名，已毕业的20名。同时还承担兰州大学等药学院校大中专学生的带教实习任务。