敦煌市中医院肛肠科成立于1993年。配备有LCS100-2型冷光源乙状结肠镜、电视纤维结肠镜、CL-V型电脑肛肠治疗仪、红外线高频电刀等诊疗设备。高、中、初级各层次专业技术人员齐全，技术力量雄厚，可开展肛周炎、肛门皲裂症、各种外痔、各期内痔、混合痔、肛周脓肿、各类肛瘘、直、结肠息肉病、低位直肠癌、直肠异物及慢性溃疡性结肠炎的诊疗工作。

尤其在运用手术治疗混合痔、肛裂、肛瘘及术后中西结合用药、中药保留灌肠治疗慢性溃疡性结肠炎等方面有独到之处。该科被确定为酒泉地区肛肠病重点专科。