敦煌市中医院针灸推拿科是中医院特色科室之一，现有专业技术人员 6 名。其中针灸主治医师 1 名，医师 3 名，按摩师 2 名。门诊病床 12 张，住院病床 10 张，配备 J 18A 1 全日康电脑治疗仪、 KXF ―Ⅲ型康门多功能风湿治疗仪、 OMAC ― 800 Ⅲ L 微波治疗仪、电动颈椎及电磁热牵引椅、 G6805 ― 2 探穴针灸治疗仪、 LX ―Ⅲ自动中药熏蒸机等设备。

该科室采用传统针灸推拿、拔罐、放血、耳针、火针、穴位埋针埋线、中药电离子导入法、输氧头针疗法、穴位注射、自制中药制剂熏蒸等治疗手段，对中风偏瘫、颈椎病、坐骨神经痛、面神经麻痹、风湿性关节炎、腰腿痛及各种原因引起的骨质增生和软组织损伤、妇科痛经、小儿遗尿等疾病疗效显著。该科被甘肃省中医管理局确定为正在建设中的省级重点中医药专科。