新疆维吾尔自治区中医医院眼科是集临床医疗、科研、教学为一体的综合科室。包括西医眼科门诊、中医眼科门诊、眼视光门诊、干眼门诊、近视弱视治疗中心、屈光手术中心、眼科病房。科室正规床位120张，年门诊量4万余人，年手术量7000余台。科室设备优良，拥有国内外最先进的显微镜、玻切机、超乳机、全疆首台血流OCT、前后节照相机、广角眼底照相、超声生物测量仪、A\B超声、角膜地形图、角膜曲率计、角膜内皮镜检查、角膜共焦显微镜、视野机及视觉电生理检查机等。

眼科开展的业务内容包括：白内障手术(包括复杂人工晶体手术)、抗青光眼手术、微创玻璃体切除术、视网膜脱离复位术、复杂眼底病手术、准分子激光近视矫正手术、飞秒激光辅助近视矫正手术、波前相差引导的近视激光矫正手术、角膜移植手术(角膜内皮移植术、穿透性角膜移植术、板层角膜移植术)、泪道手术、眼眶肿瘤切除术、眼眶骨折手术及眼部整形手术(双重睑、眼袋、提眉、切痣、瘢痕切除、眼睑下垂、眼睑退缩、眼睑畸形)等。

并开展了多项中医治疗眼病的项目，例如针灸、中药熏洗、刮痧、穴位推拿、穴位贴敷、离子导入等。眼科医师共18名、护士30名。其中高级职称7人，博士1人，硕士12人。目前新疆维吾尔自治区中医医院眼科分为眼一科、眼二科及整形组，眼一科以眼前节病为主，包括角膜炎、角膜溃疡、葡萄膜炎、青光眼、白内障、干眼症、睑板腺功能障碍、斜弱视、泪道疾病眼眶疾病、眼外伤等。眼二科以后节疾病为主，包括玻璃体积血、各类视网膜疾病、视神经疾病等。

整形组包括眼睑部整形手术，并与整形科协作完成全身范围整形治疗。眼科在开展各种复杂手术的前提下，传承中医理念及特色，发挥中西医结合优势在治疗小儿近视弱视、老年性黄斑病变、葡萄膜炎、视神经萎缩、视网膜色素变性、干眼症、各类角结膜炎及各种眼科术后中医调理方面取得了良好的临床效果。对眼科疑难疾病的诊断与治疗，特别是眼底疾病有深入研究，积累了丰富的临床经验，收到较好的临床疗效。目前眼科已完成多项课题。SCI2篇，国内核心期刊数十篇，省级课题十余项等。