呼和浩特市第二医院病理科成立于2012年，设备齐全，配有标本柜、取材台、脱水机、包埋机、冷冻台、德国莱卡切片机、菜卡冰冻机、莱卡脱水机、莱卡染色封片一体机、液基薄层细胞制片机等设备，开展普通石蜡切片染色、常用免疫组化及特殊染色的病理诊断及常规细学诊断以及冰冻检查。

作为呼和浩特市地区唯一一所具有专科特色的肝病医院，病理科开展了细胞学检测、活检标本检测，同时开展具有专科特色的肝脏穿刺病理检查，在肝脏穿刺病理检查报告中、对普通肝炎分级、分期，不明原因的肝脏病变进行病理诊断、为临床医生提供有力的诊疗依据。