巴彦淖尔市医院病理科，始建于1975年，科室技术力量雄厚，专业诊断医师6人，其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师1人，住院医师1人；病理技师4人。病理科拥有先进的诊疗设备，术中快速冰冻切片机、自动脱水机、自动包埋机、全自动免疫组化染色机、数字切片扫描系统等。

目前开展技术项目有全身各部位活体组织病理检查、穿刺组织活检、内镜组织活检、局部切除组织活检、术中快速病理诊断及全器官的病理检查与诊断、细胞病理学检查（包括体液细胞学，拉网细胞学、细针穿刺及各种脱落细胞学检查）、免疫组织化学检查、基因检测及远程病理会诊。