巴彦淖尔市医院药剂科，是负责全院药事管理，中西药品的供应与调剂，药品质量管理和教学为一体的服务于全院的医技科室。拥有专业技术人员计74人，其中主任药师2人，副主任药师16人。

设有门诊西药房，急诊药房，儿科药房，住院药房，无痛药房，西药库，中药房，中药库，静配中心共9个二级部门。门诊药房持续优化患者取药流程，通过引进自动发药机缩短患者取药时间。

住院药房负责全院住院患者的医嘱审核。药品调剂和管理工作，2台片剂医嘱摆药机实现药品闭环摆药和单剂量发药。静配中心在先进设备支持下通过严格的科学管理，以及良好培训的专业技术人员的共同努力，为临床提供高质量，安全有效的静脉输液。中药房努力创造以“道地药材，优质药品”为特色，确保药品安全有效，并代煎汤剂。

引进多工位智能调配机实现了中药配方颗粒智能审核调配。无痛药房为癌痛及度疼痛患者提供镇痛药品及相关药学服务。