海南省中医院内窥镜室成立于1993年，是集内镜诊断与内镜微创治疗于一体的内镜诊疗学科，在海南中医内镜领域里处于领先地位之一。目前科室能够开展食管、胃、肠等消化道疾病的诊断和治疗技术，并与国内中医内镜技术领先单位（浙江省中医院、广州中医药大学第一附属医院）建立长期合作关系，在医疗、教学、科研领域协同发展。

消化内镜室目前拥有世界先进的奥林巴斯、宾得、富士7000电子内镜系统，共配备电子普通胃镜、电子普通肠镜、电子十二指肠镜、高清放大内镜、超细胃镜等共20余条，同时引进德国爱尔博海博刀系统、射频治疗仪以及先进的迈尔内镜洗消设备等相关辅助设备。

科室内镜医师团队10人，其中，主任医师3人，副主任医师1人，主治医师5人，博士学历2人。内镜护理团队4人，其中，主管护师3名。医护团队均具有内镜进修培训经历，内镜操作及护理经验丰富。

科室常规开展胃肠镜检查，C14呼气试验，胃肠息肉的内镜下高频电切、激光、氩气刀治疗术，内镜下止血术，消化道异物取出术，透明帽辅助内镜下痔疮硬化剂治疗术等常规项目。此外，科室亦开展消化道早癌精查术，内镜下黏膜切除术，内镜下黏膜剥离术，食管静脉曲张套扎术、硬化剂、组织胶栓塞止血术以及内镜下食管胃静脉曲张精准断流术等内镜前沿技术项目。科室每年完成内镜手术1000余例，处于省内领先水平。