杭州市第三人民医院药学部，为杭州市三类医学重点学科，主要负责全院药品的保障供应与管理、处方适宜性审核、药品调配、安全用药指导，直接参与临床药物治疗，同时还承担着药学教育、与医院药学相关的药学研究等工作。

药学部下设门诊西药房、门诊中药房、急诊药房、感染药房、住院药房、静脉用药集中调配中心、药品采供中心、临床药学室、制剂中心、药学实验室、药学信息室、药品质量管理办公室和零售药店等部门。药学部现有药学专业人员140余名，其中高级职称6名，中级职称31名，研究生19名，本科生103名，以及众多具有丰富实践经验的药学专业人才。

药学部的一大特色为医院制剂，在多年使用过程中疗效确切，价格合理，深受广大病友的好评。目前制剂品种共61种、26种剂型。2018年制剂产值达5300万元，有力地保证了临床特色制剂的供应。药学部还负责平均每天4000余张的门急诊处方、6000余帖中药饮片、9000余条住院医嘱的调配工作及负责提供药学咨询服务和医院内部《药讯》定期出版工作。药学部近五年来共发表论文38篇，立项课题12项。浙江省中西医结合学会临床药学专业委员会挂靠在杭州市第三人民医院。