重庆医科大学附属第三医院呼吸内科医疗核心成员均来自原第三军医大学新桥医院、大坪医院等医疗机构。现有高级职称5人、中级职称8人，博士生导师1人。学科带头人王长征为国内著名呼吸疾病专家，是中华医学会呼吸分会常委。科室负责人姚伟为北京协和医院博士后，曾任新桥医院呼吸内科副主任，现任重庆市医学会呼吸专委会副主任委员。

科室在呼吸系统的常见病多发病，如慢性气道疾病（慢阻肺和哮喘）、支气管扩张、肺炎、间质性肺疾病、肺癌以及呼吸系统疑难杂症的诊治及危重患者的救治方面有较高造诣。除常规支气管镜、肺功能检查外，还开展了各种特殊经支气管镜介入诊疗手术，如EBUS-TBNA、EBUS-GS-TBLB、单向活瓣肺减容术、气管支架植入、氩气刀及冷冻治疗、球囊扩张、内科胸腔镜检查等，整体诊治水平达到西南地区先进。

科室配备了一流的仪器设备，如奥林巴斯电子支气管镜系统、内科胸腔镜、超声支气管镜、耶格肺功能仪、呼出气一氧化氮检测仪、爱尔博电工作站、冷冻治疗仪，以及高档无创、有创、高流量呼吸机10台，能够为危重患者提供及时有效的呼吸支持。