杭州市肿瘤医院病理科，设有病理取材室、病理诊断室、病理技术室、细胞病理室、病理资料室、免疫组化室等。病理科设备配制齐全、先进，配备全自动组织快速脱水机、病理组织切片机、全自动染色机、全自动封片机、全自动免疫组化仪、激光显微切割仪等先进设备。

病理科能开展免疫组化、术中冰冻检查与诊断、快速细胞学检查、特殊染色，单细胞显微切割技术等多种病理诊断及实验技术。

病理科依托杭州市第一医院分子病理诊断平台初步构建了省内一流的临床病理诊断与分子病理检测平台，形成以骨关节与软组织肿瘤、淋巴造血系统肿瘤、消化道肿瘤与肝脏病理、呼吸系统病理、乳腺与生殖系统病理、泌尿系统病理、头颈部肿瘤、内分泌系统病理等多系统病种的病理诊断经验及相关诊断技术，积极开展新技术、新方法在病理诊断、鉴别诊断与肿瘤个体化靶向治疗的应用，经常参加医院疑难病例讨论、多学科讨论、临床病理讨论会及省内外学术会议。

病理科全年病理标本约4000例，诊断病理切片约9700张，其中手术标本约占40%，院内外疑难切片会诊约185例，术中冰冻病理诊断300例，免疫组化标记和诊断大于1100例，参与科研项目标本大于200例。科室成员共5人，副主任医师1名，主治医师1名，住院医师1名，主管技师1名，技师1名。