杭州市儿童医院眼科创建于建院初期，集临床医疗与科研一体，目前年门急诊量近3万，拥有门急诊和病房。
开展的检查项目：儿童视力检测，非接触眼压测定，眼轴测量，角膜地形图，角膜曲率测定，电脑验光，医学综合验光，光学相干断层扫描，眼底照相，眼底广域成像，裂隙灯检查眼前段病变等。
诊治疾病主要包括： 新生儿泪囊炎，泪道阻塞，早产儿视网膜病变，睑内翻倒睫，斜视矫正，眼睑整形如上睑下垂等，睑板腺囊肿，皮脂腺囊肿，皮样瘤，眼外伤，近视，远视，散光，弱视 。
有完善的验光配镜中心，斜弱视诊疗中心，中西医结合视力维护中心，早产儿视网膜病变筛查治疗中心，眼外伤急救中心，眼睑整形美容中心，泪道疾病诊疗中心为一体的综合性小儿眼科。
除眼科常见疾病的诊疗以外，在青少年儿童近视防控方面具有全面的诊疗体系。其中包括：综合医学验光配镜、斜弱视训练、角膜塑形镜验配、离焦镜验配，中西医结合视力维护等。 并且同几家省级医院共同承担杭州区域及周边地区婴幼儿泪道探通工作以及早产儿视网膜病变筛查治疗工作。
科研教学成果：科室成员在国内外核心期刊发表论文十余篇，包括SCI三篇，主持参与厅局级课题三项