苏州科技城医院药学部被评为为苏州市医学重点学科（临床药学）、苏州市临床重点专科（药剂科），具有国家药物临床试验机构、I期药物临床试验专业、中华医学会临床药师培训基地、国家卫健委家庭药师培训示范基地、省级静脉药物配制中心等资质，现为苏州高新区药事质量控制中心挂靠单位。

药学部是集药品采供保障、医院药事管理、临床药学服务、专科技术发展等职责为一体的医教研全面发展的综合性科室。下设门诊药房、急诊药房、感染药房、中药房、住院药房、手术室麻醉药房、药库、静脉药物调配中心、临床药学室、实验室、I期临床试验研究室、药物临床试验机构办公室等部门。

药学部现有专业技术人员58人，其中正高2名，副高8名，中级23名，初级25名。现有博士2名，硕士18名，本科35名。学科重点发展方向：

1、慢病药物治疗的全程监护管理；

2、精准个体化用药指导；

3、药物早期临床试验；

4、神经与肿瘤基础药理研究。

2016年建院至今成功申请科研立项34项，其中省级课题2项，市级课题13项，开展药物临床试验20余项；与苏州大学、上海长征医院、中国科学院上海药物所苏州创新药物研究院等单位建立战略合作联盟，开展科研协作和联合培养硕士研究生，现有高校师资5名，培养研究生3名；主办2项国家级继续教育项目，省市级继续教育讲座20余次；共发表论文104篇，其中SCI19篇（累计影响因子超60分），科技核心45篇。