北京结核病控制研究所防控科是该院重点发展科室，是集临床、教学、科研于一体的专科科室。该科诊治以结核病为主的多种疾病，依靠医院高、精、专检测设备，开展各类型肺结核、结核性脑膜炎、结核性心包炎、结核性胸膜炎、结核性腹膜炎、结核性淋巴炎、骨结核等疾病的诊治。