福建省儿童医院泌尿外科是我省唯一的小儿泌尿专科，经过多代人的努力科室已发展壮大，成为在省内著名、在国内有一定知名度的小儿外科专科诊疗中心。现编制床位20张，高级职称2名，副高级职称1名，博士1名，硕士2名，外聘教授1名，年门诊量2万人次，年手术2000多台。学科带头人林芃主任是我省引进的高层次人才，小儿外科博士，中国医师协会小儿外科分会常委，《中华小儿外科杂志》编委，福州市优秀人才。

专科在肾积水、小儿尿道下裂、两性畸形等小儿尿道及隐匿性阴茎等阴茎畸形的矫治中富有特色，其中尿道下裂治疗效果处于全国领先水平。并于2007年开展腹腔镜手术，现在鞘膜积液、隐睾、两性畸形和精索静脉曲张等已常规采用腹腔镜手术，2011年以来还开展了难度较高的气膀胱下输尿管再植术、腹腔镜重复肾切除术及腹腔镜下肾盂成形术、腹腔镜下肾盂、输尿管切开取结石等微创治疗，治疗效果处于全省领先地位。

2010年起我科引进膀胱镜，先后完成经膀胱镜后尿道瓣膜电切、输尿管囊肿电灼、取异物及组织活检等，并积累了大量经验。专科下设有全省唯一的小儿盆底实验室，大量开展了尿流动力学、肛门直肠测压、电子生物反馈等，在大小便失禁诊断及治疗上处于全省领先，股薄肌代肛门括约肌、胃（结肠）代膀胱扩大术、盆底悬吊术等手术在治疗神经源膀胱、大小便失禁效果在全国领先。门诊同时为患者提供艾滋病和性病检测咨询服务。