福建省福州儿童医院中医科成立于1986年，现位于承顺门诊楼一楼。科室目前有主任中医师5名，主治中医师3名，住院中医师5名，助理中医师1名。

科室突出中医特色，以中医辨证论治方法治疗小儿常见病、多发病及疑难病，如各种类型感冒、咳嗽、哮喘、鼻炎、慢性扁桃体炎、反复呼吸道感染、胃脘痛、腹痛、厌食、腹泻、遗尿、汗证、性早熟、青春期妇科等。用针刺、艾灸、耳穴压丸、推拿及拔罐等传统治疗方法，治疗脑瘫、偏瘫、面神经麻痹等。目前有中医科门诊、遗尿门诊、月经病门诊、肾脏病门诊、针灸推拿门诊，设有敷贴区、离子导入区、推拿区、针灸区、儿童治未病服务区等。