阿拉善盟中心医院感染性疾病科，建于2005年，曾经多次组建和扩建，为本地区提供传染病诊疗和收治工作，中心医院于2011年11月搬迁至新址，感染性疾病科置留原址，进行日常诊疗及收治病人工作。

现设置床位18张，医护人员14人；其中医师5人，专职网络报告人员1人，护理8人，现有主任医师1人，副主任医师1人，主治医师2人，住院医师1人，科室医师通过赴上级医院进行专科培训、进修深造等不断学习，大幅度的提高了专科疾病的诊疗水平。

护理人员均具有专业护理资格，能够熟练的完成各项护理操作及病区管理，科室现配备有先进的心电监护仪、心电图机、除颤仪等监护急救设备，为临床诊疗工作提供了科学依据和医疗安全保障

科室实行24小时值班制，以积极热情的服务态度、准确高效的诊疗水平，满足本地区人民群众的传染病防治工作。

2014年8月成立结核病门诊，承担着结核病及密切接触者的筛查工作，主要收治疾病有肺结核、结核性胸膜炎、肺外结核病、病毒性肝炎（甲型病毒性肝炎，慢性乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、肝炎肝硬化)、手足口病、猩红热、水痘、布氏杆菌病、梅毒等传染性疾病。