浙江武警总队医院胸心外科是嘉兴市的医学重点学科，开展肺部手术近60年，是国内开展肺外科手术最早的单位之一。经过几代人的努力，科室仍然保持着先进的诊疗技术，在各类胸部疾病的诊疗上与国内前沿水平保持同步。特别是在肺癌、食管癌的诊断治疗方面，全部采用规范的国际标准，严格按TNM分期，对患者进行个性化治疗，使患者的3年及5年生存率达到国内先进水平。

同时，该科还开展了先进的胸腔镜手术成功运用于气胸肺大泡切除或肺大泡结扎、肺修补术，脓胸纤维板剥脱术，肺部分切除术、纵隔肿瘤切除术、大量自发性气胸止血等。心外科能独立开展成人或小儿的房间隔缺损、室间隔缺损、法乐氏四联症、动脉导管未闭、三尖瓣下移畸形、各种瓣膜病、心包疾病、胸内大血管病变、冠状动脉搭桥术，室壁瘤切除等各种先天性心脏病手术。