鄂尔多斯市中医医院肛肠科，是鄂尔多斯市级重点专科。现有医护人员18人，医生6人，其中中医副主任医师1人，主治医师2人，住院医师3人。医生中硕士研究生学历2人，本科学历4人。护理人员12人，其中主管护师2人，护师5人，护士5人，具有本科学历7人，专科学历5人。

科室开展的主要项目有：微创治疗环形混合痔、复杂性肛瘘、肛裂、高位肛周脓肿等肛肠疾病；中、西医结合治疗溃疡性结肠炎、便秘、肠易激综合症等疾病；术后镇痛技术、挂线术、注射术；耳穴压豆、中频脉冲理疗、灌肠技术。

开展了直肠癌筛查，获得科研项目政府资金专项资助，并获得国家专利七项；专科配备肛肠I号洗剂，消肿止痛膏、去腐生肌膏等。科室配有电脑肛肠综合治疗仪、电脑灌肠治疗机、TDP(型)治疗器、肛肠坐浴熏洗机等专科仪器设备。

肛肠科坚持“立足专业、服务于民、疗效第一”的宗旨，坚持诊断与治疗相结合、临床与科研相结合的指导方针，将肛肠科打造成为专科特色鲜明、技术领先、口碑良好的优势专科。