玉溪市儿童医院外科是溪市内专业诊治儿童及新生儿外科疾病的综合性外系科室，各外科专业技术优势明显，目前业务涵盖普通外科、泌尿外科、骨科、胸外科、神经外科、新生儿外科等专科疾病。现已开展多项小儿外科疾病专科性治疗，包括腹腔镜下微创及开放性手术，因有儿童专业的在腹部外科急腹症、腹部创伤、烧烫伤等同时具备一定急诊处理能力，如普通外科急腹症、创伤、烧烫伤处理。

科室组成人员具备丰富小儿外科疾病诊治能力及相关经验，有省内外知名专科性儿童医院进修学习及培训经历，熟练掌握小儿外科疾病的诊断、手术处理、术后康复等要点，秉承微创化、专业化、规范化、人性化治疗为患儿服务。我科与省内外不同外科专业知名小儿外科专家建立长期合作及技术指导帮扶关系，使优质资源下沉至我院，为玉溪及周边地区0-18岁患者提供优质治疗服务。目前在医院已有资源上，科室还配备了卡尔.史托斯高清腹腔镜系统，多种小儿外科疾病可实现微创治疗。玉溪市儿童医院已成为国家“先天性结构畸形”救助项目定点医疗机构。