清华大学第一附属医院药学部，成立于建院之初，随着医院药学事业的提升与发展，2011年4月正式更名为“药学部”，药学部的设立，其工作重点也由以药品供应保障为主，向集药品保障、合理用药、教学科研、药事管理为一体的综合性科室转变。药学部的成长历程伴随着医院的发展，更浸透着时代的痕迹，已经与医院风雨同舟六十余载，逐步建立了“以患者为中心”的药学服务及管理模式。

药学部下设办公室、门诊药房、急诊药房、草药房、住院药房、感染药房、性病药房、临床药学、药库等部门。近年来药学部以药品保障为基础，以临床药学服务为中心，以教学科研为方向，不断完善自身的工作职能，以“合理用药”为核心的处方前置审核、专项处方病历点评、循证药学等工作是医院安全合理用药的基石。

药物基因检测，通过测定药物疗效和不良反应相关基因，为临床提供了个性化的合理用药建议，精准的药学服务进一步提升了医院的用药水平。临床药学现有个5个专业临床药师，涵盖心脏、肿瘤、内分泌、感染、神经内科、老年等多个学科，3名临床药师获得美国药师协会颁发的MTM培训证书。

教学方面，每年定期举办药师技能培训班，承担药学专业本科生和大专生的教学工作；科研方面，多名药师参加过多项国家级、市级课题，鼓励员工积极参加各项培训，提高自身的教学科研能力。