安徽医科大学第一附属医院儿科现为住院医师规范化培训国家重点专业基地，教育部儿科学本科教学指导委员会成员单位，儿科专科护士国家级临床教学基地，安徽省危重新生儿转运救治中心，安徽省临床医学重点学科，安徽省教育厅精品课程。
是安徽省儿科学会副主任委员单位，安徽省儿科专业质控中心副主任委员单位，安徽医科大学重点教研室，安徽医科大学儿科学硕士学位授予点、临床医学博士学位授予点。
科室开放床位270张，年门诊量28万人次，年出院病人1.2万人次，分设6个病区，包括：儿科一病区（肾脏、风湿免疫、消化、心血管学组）、儿科二病区（呼吸、血液、遗传内分泌学组）、本部新生儿病区、高新新生儿病区、安徽省儿童神经康复中心、儿科重症监护病区。
常规开展无痛胃镜、胃肠电生理、肾脏穿刺病理活检、血液净化、肺功能、纤维支气管镜、超声骨密度、新生儿中心静脉置管、新生儿换血、神经电生理检查、遗传代谢病筛查、儿童高级生命支持等临床诊疗项目。
学科现有江淮名医5人，享受省政府特贴专家3人，安徽省学术和技术带头人后备人选6人，安徽省卫健委青年领军人才1人，博士生导师2人，硕士生导师14人。
累计承担国家自然科学基金9项、省部级课题20余项，发表SCI论文100余篇，出版著作6部。获安徽省科技进步二等奖2项，省教学成果二等奖1项。始终保持中国医院科技量值排行榜（儿科学）、复旦医院排行榜（儿科学）、儿内科专家国际学术影响力排名全国百强，安徽第一的领先位置。
儿科一病区：
肾脏风湿免疫专业现有高级职称专业人员5人，博士学位人才3人，硕士生导师4人，是中华医学会儿科学分会肾脏学组全国委员单位。先后派出5人赴美国、香港、北京、上海等儿童医院专科进修学习。
近年来共承担国家级科研课题4项、省级科研课题十余项，每年发表高质量专业论文近20篇，其中SCI论文合计40余篇。两项科研成果获安徽省科技进步二等奖。临床方面，科室突出在肾病综合征和儿童过敏性紫癜两大疾病发病机制及治疗方面进行研究。于80年代在省内率先开展了小儿肾活检术，现发展为自动肾穿刺枪技术。
血液净化中心在90年代初即对急慢性肾功能衰竭患儿开展了血液透析治疗。对肾小球硬化的防治，先后开展了降脂药物及血管紧张素阻滞剂作用的研究，并获得了安徽省科技进步二等奖。
近年来，科室联合省内多家医院，开展儿童过敏性紫癜分级治疗方案的前瞻性多中心应用研究，为儿童过敏性紫癜的规范化治疗探索了一种切实可行的治疗方案。过敏性紫癜分级治疗方案研究成果获得了安徽省科技进步二等奖。科研及新技术项目的开展，临床水平的不断提高，使科室肾脏风湿免疫专业在省内具有很高的影响力、处于省内领先。
消化专业目前已开展的诊疗项目有：小儿胃镜检查，上消化道内镜下异物钳取及治疗，无痛胃镜检查等。专业组对儿童急慢性腹泻；胃炎、消化性溃疡和消化道出血；儿童过敏性胃肠炎；小儿肝病等疾病的诊治积累了丰富经验，临床整体水平处于省内领先。
心血管病专业开展的新技术项目：小儿先天性心脏病的介入诊疗、应用直立倾斜试验诊断儿童血管迷走性晕厥等。本专业组在小儿心血管系统如小儿心律失常、心肌炎、心肌病、先天性心脏病、川崎病等疾病的诊断及处理方面积累了丰富的经验，在省内处领先地位。
儿科二病区：
安医大一附院儿科二病区，为安徽省临床重点专科，中华医学会儿科分会呼吸学组委员成员单位，安徽省医学会儿科分会副主任委员成员单位，安徽省儿童医疗协会呼吸专业委员会副主委单位，安徽医科大学儿科系副主任委员单位，儿童白血病重大疾病定点治疗单位。
病区以患者为中心，大力开展新技术，不断提高科室的诊疗水平，加强人员培训，先后派出4人去日本、上海和南京儿童医院专科进修学习。
近年来，开展三项新技术项目，分别为：
（一）儿童气管镜在呼吸道疾病中应用，自2012年以来，每年开展500余例儿童气管镜检查，提高了难治性呼吸道疾病如反复喘息，不明原因肺不张，难治性肺炎，儿童气管发育畸形等疑难疾病诊治水平。
（二）过敏性疾病的特异性免疫治疗，为2012年医院新技术项目，两年来开展了2000余例过敏原筛查，为20多位螨过敏患儿进行特异性免疫治疗，疗效明显，为过敏性疾病患儿带来福音。
（三）儿童矮小症及性早熟筛查。
近年来，先后主持了安徽省科技厅科技攻关项目、安徽省科技厅自然科学研究青年项目、安徽省卫生厅科研课题等6项，发表多篇SCI及核心期刊高水平的论文，每年培养硕士研究生1-3名，具有博士学位2人，在职就读博士学位3人。
多次举办安徽省级继教项目“儿童呼吸道疾病高级研讨班”，吸引来自全省地市县乃至基层儿童医务工作者数百人参加会议，为提高全省儿科呼吸系统疾病诊治水平做出重要贡献。
目前，病区常规开展纤维气管镜检查、过敏原筛查、特异性免疫治疗、儿童肺功能测定、儿童哮喘规范化综合治疗、儿童喘息性疾病雾化吸入治疗、儿童重症肺炎支原体肺炎的气管镜下治疗、儿童肺不张、肺炎常规气管镜下肺泡灌洗治疗，支气管异物的气管镜诊断和取出术、气管镜下肺活检术等以及血液病、儿童矮小症及性早熟规范化治。吸引合肥周边地市以及来自河南、江西等地患儿前来就诊，取得了良好的社会效益和经济效益。
新生儿病区：
儿科新生儿病区为全封闭管理病房，设置病床60张（包括新生儿重症监护病床20张），拥有一支业务技术精湛的专业队伍，先后派出2人赴德国、日本等儿童医院专科进修学习。现有医护人员44人，其中主任医师4人，副主任医师1人，主治医师3人，住院医师4人，博士学位1人，硕士学位9人，硕士生导师2人；护士32人（主管护师6人）。
各类监护急救设备完善，配有吊柱式抢救生命岛18个（中心供氧、中心吸引）、各种进口呼吸机（nCPAP5台、常频2台、高频3台）、远红外辐射抢救台、进口及国产婴儿暖箱、蓝光治疗箱、LED毯式光纤黄疸治疗仪、血气分析仪、床边心电图仪、多功能监护仪、微量血糖仪、经皮胆红素仪、呼末二氧化碳监测、静脉推注泵、微量输液泵、雾化吸入泵、床旁X线摄片、床旁超声等。
可以完成经周围中心静脉置管（PICC）肠外营养，新生儿无创及常频、高频通气呼吸支持、外周动静脉换血术、早产儿视网膜病筛查、小儿外科或心脏外科新生儿围手术期治疗护理等。
每年接受来自全省各地及邻近省份的患病新生儿1500例左右，其中急危重症400余例，如极超低出生体重儿、极超早产儿、新生儿呼吸窘迫综合症、胎粪吸入综合征、重症肺炎、新生儿肺出血、呼吸衰竭、心律失常、心力衰竭、先天性心脏病、新生儿肺动脉高压、严重脓毒症、各种休克、新生儿缺氧缺血性脑病、颅内出血、坏死性小肠结肠炎、严重新生儿高胆红素血症、新生儿溶血症、遗传代谢性疾病、严重代谢紊乱、多器管功能衰竭等。
危重症抢救成功率达95%以上，超早产（胎龄<28周）、超低出生体重（出生体重<1000g）儿救治成功率达80%。救治存活的早产儿最低胎龄25+4周，最低出生体重750g。成功救治胎龄仅25+5周，出生体重最大1050g、最小850g的四胞胎，为安徽省之最。新生儿救治水平处于省内领先。
作为安徽省儿科重症监护护士及住院医生规范化培训基地，每年为全省各级医院培养新生儿专业进修医生及护士，为提高我省新生儿医疗护理水平发挥着重要作用。
安徽省小儿神经康复中心：
安徽医科大学第一附属医院小儿神经康复中心，系安徽省小儿脑瘫康复中心（2008年安徽省卫生厅）挂靠单位，安徽省临床医学重点学科、博士学位授予点。中心有医、护、治疗师和特教老师共37人，拥有博士生导师、中国康复医学会小儿康复专业委员会副主任委员、中国残疾人协会小儿脑瘫专业委员会副主任委员1人，委员2人，安徽省医学会遗传学专业委员会主任委员1人，国家级、省级学会委员7人。
中心以Bobath疗法和引导式教育疗法为主，拥有完备的作业疗法、语言训练、感觉统合训练、多感官刺激、水疗仪、中药熏蒸机、减重步态训练仪等全套训练器材；设有小儿神经电生理检查室（开展动态和视频脑电图）和发育评估检测室（开展发育商、韦氏儿童智力测试、孤独症和多动症等量表测试项目）。
主治小儿脑瘫、癫痫、高危儿早期干预、孤独症和智力低下等。在省内率先采用生酮饮食治疗难治性癫痫和孤独症、雷帕霉素治疗结节性硬化、肉毒杆菌毒素治疗难治性脑瘫等新技术项目。
中心系安徽省残疾人联合会康复定点单位及民生工程定点机构，每年住院病人约1800人/次，有来自全国20多个省市的患者及进修人员。举办国家级继续教育学习班1次/年，在国家级会议上进行脑瘫康复技术推广约6-10/次；承担安徽省小儿脑瘫、自闭症等康复技术人才培训和新技术推广等。
中心拥有博士及在读博士5人，完成和承担国家自然科学基金面上项目4项、省部级科研项目9项，发表论文150多篇，SCI论文7篇。获安徽省科学技术二等奖1项、三等奖2项；安徽省教学成果二等奖1项。近几年来主编著作3部，其中《小儿脑瘫引导式教育疗法》由人民卫生出版社2007年12月出版，2014年第二版。
拥有国家级专利2项。长期与美国斯坦福大学国际学院进行学术交流，先后有多名青年技术骨干在英国、美国等研修。