北京清华长庚医院感染性疾病科，自2019年4月1日正式开设门诊，7月1日正式开设感染性疾病科病房，加上2014年建院时就已开设的发热、肠道门诊，共同组成北京清华长庚医院感染性疾病科。

科室借鉴和发展台湾长庚纪念医院的先进管理模式，充分利用作为综合性大学附属教学医院著名专家云集、医疗设备技术先进等优势，采用Attending医师负责制，为各种病原微生物及寄生虫感染的患者，如细菌、分枝杆菌、病毒、真菌、原虫等；长期不明原因发热的患者；人体各种部位感染的患者，如中枢神经系统感染、呼吸系统感染、泌尿系统感染、皮肤软组织感染等等提供优质、快速、高效的医疗健康服务。科室现承担国家科技部传染病重大专项子课题、北京市医管局科研项目及清华大学应急科研课题等多项研究，同时还承担新抗菌药物的Ⅱ期、Ⅲ期临床试验研究。