安徽省儿童医院消化内科成立于2008年，属院级重点学科，由消化专科病区、消化内窥镜室、13C-呼气试验室和专科门诊组成。目前有病床48张，年住院病人3000余人。是安徽省唯一专门收治小儿消化系统疾病的临床科室，安徽医科大学儿科学硕士学位授权点。

科室医护人员共计35人，其中医师15人：主任医师2名，副主任医师4名，主治医师4名，其中硕士生导师1名，硕士5名，在读研究生4名。护师20人，其中主管护师6人，拥有国家儿科专科护士1名，国家二级心理咨询师2名。

科室亚专业设施齐全，开展儿童消化内窥镜检查、幽门螺杆菌13C-呼气试验、幽门螺杆菌粪便抗原检测和食物过敏原检测。已开展的特色诊疗技术有：小儿电子胃镜（含无痛胃镜）、电子结肠镜和小肠镜（与外科合作）诊断技术、小儿消化内镜治疗技术（消化道异物钳取、结肠息肉摘除术）、胃扭转复位、胃镜直视下局部喷洒止血等。

目前已开展胃肠镜检查和治疗共9000余例，其中最小年龄为出生后36小时，最轻体重为2500g的新生儿。在儿童幽门螺旋杆菌诊治中还开展了具有无创检查的“金标准”项目：13C-呼吸实验和粪便抗原检测。

同时，消化内科对儿科常见的消化系统疾病如胃食道反流、急慢性胃炎、十二指肠炎症、消化性溃疡、幽门螺旋杆菌感染、消化道出血、腐蚀性食管炎、胆囊炎、急性胰腺炎、各种腹泻病、周期性呕吐、溃疡性结肠炎、坏死性小肠结肠炎、婴儿肝炎综合征、重度营养不良、慢性腹痛、便秘、食物过敏性疾病等有较成熟的诊断和治疗护理方案。

科室承担安徽省自然科学基金项目1项、厅级课题3项和专科协会课题1项，在国内外重要医学期刊发表学术论文40余篇，参与编写专著5部。