安徽省儿童医院新生儿科成立于1991年，系安徽省“十二五”临床重点优先发展专科、国家新生儿围产期医学试点专科培训基地、安徽省危重新生儿急救中心、安徽省新生儿随访干预中心、安徽省NICU专科护士培训基地。

目前开放床位120张，设有2个病区：其中NICU病区床位60张、普通病区床位60张，5个新生儿专业组：NICU组、早产儿组、非感染组、感染组、新生儿随访干预组，并设有新生儿疾病实验室。

现共有医护人员132名，其中医师27名，主任医师3名，副主任医师5名，主治医师10名，住院医师9名；护士105名，主任护师1名，主管护师18名；江淮名医1名，安徽医科大学兼职教授，硕士生导师2名，博士1名，在职博士2名，硕士15名。

新生儿科成立了4个亚专科方向：包括新生儿院前急救及转运、早产儿系统化管理、危重新生儿急救及呼吸管理以及高危新生儿随访干预。

开展的主要特色和优势技术有：常频和高频呼吸机治疗各种新生儿呼吸衰竭、NO吸入治疗新生儿持续肺动脉高压及严重呼吸衰竭、无创高频通气/双水平无创通气治疗新生儿呼吸疾病、微泵控制外周动静脉同步换血术、新生儿肺表面活性物质治疗新生儿呼吸窘迫综合征、头部亚低温防治新生儿缺血缺氧脑病等。

近5年，新生儿科共立项科研课题9项，包括：安徽省自然科学基金面上项目《镁盐对未成熟脑高氧损伤的神经保护机制研究》（项目号：1808085MH287）、中央引导地方科技发展专项科技惠民项目《安徽省儿科急救转运技术培训与体系建设》（项目号：2017070802D154）、安徽省科技攻关项目《早产儿脑病多中心流行病学研究及神经发育预测》（项目号：1604a0802087）、安徽省自然科学基金项目《高氧对新生鼠海马内谷氨酸代谢的影响机制》（项目号：1508085SQH219）。

安徽省公益性技术应用研究联动计划项目《新型无创正压通气治疗早产儿呼吸窘迫综合征的临床研究》（项目号：1704f0804002）、吴阶平医学基金会项目《早产儿呼吸窘迫综合征应用肺表面活性物质对其肺功能的影响及远期预后随访研究》（编号：320.6750.14151）以及安徽省卫生健康委科研项目3项。获得省科学技术进步奖三等奖1项、省科技成果2项；累计发表科研论文100余篇。