安徽省儿童医院儿童心脏外科，原名心胸外科，2001年9月组建，2012将普胸专业分出。科室2008年起被评为“安徽省重点发展学科”，2012年又被进一步评为“安徽省重点学科”，2016年验收合格。

科室现有外科医师8名，灌注师4名，监护医师3名，CICU和病房护士共25名。19张普通床位、6张监护床位、手术室专用手术间一个。另有JostraHL-20心肺机1套、MAQUE-SERVO-I/S呼吸机6台、MP50监护仪7套、IE33心脏彩超小儿食道探头和ABL-80灵悦血气分析仪各1台。

自建科以来，到2018年12月，全科共完成各类小儿心脏手术7000余例，其中体外循环手术5800余例，几乎包括了所有的先心病种，婴幼儿约占70%以上，最小年龄1个月、最小体重2.8公斤。复杂先心病约占10-28%，重症法洛四联症/肺动脉闭锁的二期根治、同种异体带瓣管道治疗完全性大血管错位、心内直视再次手术等高难度手术，在儿童心脏外科均有开展。

对危重先心病开展急症、亚急症手术，近10年来，手术治疗年龄＜6个月伴危重表现的室间隔缺损患儿630例，其中十余例带呼吸机直接入手术室，使许多危重先心病的小婴儿得到了救治，体现了“儿童医院”的技术优势和特色。

自2001年以来，科室共发表CN刊号的论文50余篇，包括“婴儿法洛四联症术后并发症处理及一年随访““婴幼儿法洛四联症体外循环手术降温期不同血气管理的分析““小儿重症法洛四联症二期根治术的术后监护““婴幼儿法洛四联症的外科手术治疗（附83例报告）”“婴幼儿法洛四联症外科手术治疗近期预后的危险因素分析”“大动脉调转术在婴幼儿复杂性先心病中的应用(附7例报告)”“6月以下危重婴儿室间隔缺损手术治疗的近期预后分析”等。

获安徽省卫生厅科研项目4项，包括“婴幼儿法洛四联症的外科手术治疗”“大动脉调转术的临床应用”“儿童漏斗胸的微创治疗”“小婴儿室间隔缺损急或亚急手术治疗近期预后的危险因素分析”。

自2012年起，科室与“爱佑童心”“爱心助医”“神华爱心”等慈善机构积极合作，对贫困家庭的先心病患儿的手术治疗进行救助。截止到2018年12月，已有近1000名患儿获益。