安徽省第二人民医院眼科中心于2011年正式运行，由古巴医疗服务中心选派著名眼科专家来我院从事眼科工作。中古眼科诊疗中心项目受到古巴政府及古巴卫生部、外交部及驻华大使馆的高度重视。眼科中心依托古巴眼科技术优势和安徽省“复明22号”流动眼科手术车为全省眼科患者提供上门服务，引起了良好的社会效应。2013年眼科中心获批安徽省“十二五”临床重点建设特色专科。

目前眼科医院大楼正在建设中。中心目前设有门诊、病房、手术室、机能检查室、准分子激光中心、配镜中心、眼库等部门，其中病房分为眼一科、眼二科两个科室，总开放病床数51张。

眼科中心拥有眼前节分析仪（PENTACAM）、角膜地形图仪、角膜内皮细胞计数仪、角膜共焦显微镜、眼科超声生物显微镜（UBM）、B超声诊断仪、眼科电生理仪、光学相干断层扫描仪（OCT）、光学相干断层扫描血流成像（OCTA）、多光谱眼底照相、视网膜荧光眼底造影机、YAG激光仪、光凝激光设备、氩离子激光机、白内障超声乳化机、玻璃体切割机、视网膜冷冻仪等一大批先进的眼科检查和手术设备，总价值达4千余万元。