阜阳市第五人民医院内镜室为玉门诊楼三楼。科室拥有目前国内最先进的奥林巴斯电子胃镜、电子结肠镜、纤维支气管镜、高频电发生器及其他内镜附属器械。科室人员有主任医师一名，主治医师二名、医师一名、主管护师一名。

内镜开展项目有：

⒈消化道、支气管疾病的诊断工作。

⒉无痛苦胃镜检查。

⒊消化道息肉摘除术。

⒋消化道粘膜肿瘤摘除术。

⒌食管金属支架置留术。

⒍支气管镜下微波治疗晚期肺癌。

⒎支气管镜下药物治疗多种支气管、肺部疾病。