淮安市楚州中医院肛肠科创建于1986年，为江苏省基层医疗机构中医特色专科建设单位。现开放床位20张，医师4人，其中主任中医师、副主任中医师、主治医师、住院医师各1人。科室配有中医熏蒸治疗机、电脑灌肠机、肛门疾病综合治疗仪、纤维结肠镜等一系列专科医疗设备。

肛肠科运用中西医结合治疗内痔、外痔、混合痔、肛裂、直肠炎、结肠炎、肠息肉、肛门脓肿、直肠粘膜脱垂、肛瘘、肛门湿疹等肛肠常见病、多发病、疑难病。尤其对环状混合痔、高位复杂性肛瘘、复杂性肛瘘脓肿、直肠粘膜脱垂、便秘有独特疗效。该科采用手术、冲洗换药、中药内服、灌肠、局部坐浴、熏洗橡皮筋松挂、对口引流等治疗方法，结合自制的中药洗剂、中药汤剂具有止血、消炎、镇痛、消肿的功效，能保持术后创面新鲜洁净，促进伤口愈合，缩短治疗时间，减轻术后痛苦。

多次派人到无锡市中医院、江苏省中医院肛肠科进修学习，得到上级医院专家的指导支持，遇有疑难病例请江苏省中医院肛肠科专家到院会诊手术，在周边地区有一定影响力。