南昌大学第三附属医院心胸外科建立专科已有30多年历史，是江西省最早成立的心脏及普胸疾病治疗专科，是省市共建学科、南昌市名科，已成为辐射全省的心胸血管外科疾病诊疗中心。

科室秉承做精做强的原则，针对各类心胸疾病患者，开设了心外科、胸外科亚专科，其中以小儿心脏、成人心脏、胸腔镜、胸外为重点，以微创和小儿先心病治疗为特色，开展治疗项目包括各种简单先天性心脏病、复杂先天性心脏病的外科治疗，危重疑难瓣膜置换或成形术，冠心病冠脉搭桥术，大血管疾病的介入治疗以及外科治疗，房颤的外科治疗，各种复杂先心的杂交手术，危重冠心病的杂交手术，疑难大血管疾病的杂交手术等。

普胸外科为南昌市心胸外科的发祥地，常规开展肺癌、食道癌等胸部肿瘤扩大根治术，并在省内率先开展了NUSS手术治疗漏斗胸、胸腔镜治疗手汗症等。