南昌大学第三附属医院康复医学科，是南昌市康复医学会、南昌市医学会物理康复专业委员会、南昌市康复质控中心挂靠单位及国家级规范化康复专科医师培训基地，江西省工伤康复定点机构及南昌市工伤康复唯一定点机构。目前已开展了脑血管疾病，骨关节病、脊髓损伤、儿童脑瘫、老年病、心肺康复及慢性疼痛等亚专业康复。

设有临床医学部、康复评定室、物理康复治疗部（物理因子治疗室、运动治疗室、体能训练室、儿童康复治疗室）、作业治疗部（作业治疗室、ADL训练室、文体活动室）、言语语言病理学治疗部、心理康复部（心理康复门诊、失眠门诊、心理康复评定室及心理康复治疗室）、传统康复治疗部（针灸、推拿、拔罐、整脊）、高压氧舱及康复工程部、康复护理部，还拥有象征国际化康复医学科标准的大型水疗及南昌市劳动康复中心（太乙村）。此外，科室与国内多家著名的康复医学科建立了紧密的合作关系。