江西省儿童医院药剂学伴随医院成立而成立，六十六年的风雨历程，几代儿科药学人的勤劳和智慧，药学部的规模和实力得到了巨大发展。现已成为集医院药事管理、药品供应、制剂、调剂、临床药学、药学信息化及科研教学为一体的综合性学科，是具有专业技术性、咨询指导性和协调服务性等特点的综合性业务技术科室。
在院长领导下负责全院药事管理工作，组织实施《药品管理法》和有关药政法规的执行及监督。承担着医院合理用药监测、用药咨询与服务、参与临床用药治疗团队、临床药师培养、药品不良反应监测、治疗药物监测、药品供应与保障、自制制剂生产、药品网络信息的建立和维护等医疗相关工作，同时承担药学专业硕士实习、本科生和大专生的实习带教工作以及在职药学人员的培训工作。
现有工作人员85人，药学专业技术人员69人，其中主任药师2人，副主任药师2人，主管药师42名，药师21名，药士2名。主管护师7人，护师2人，药学会计1人，非专业技术人员6人；药学专业学历本科及以上学历者88.7%，其中研究生学历者26人。药学部下设急诊药房、门诊药房、住院药房、中药房、中西药库、临床药学室（包括国家卫生健康委临床药师培训基地办公室、临床药师工作室、治疗药物监测室和药物基因检测室）、制剂室、资料室、药检室和菌检室等部门。是中国医院药物警戒系统哨点医院、国家卫健委抗菌药物监测网监测点、全国合理用药监测网监测点。
临床药学室现有专职临床药师8名，分别在呼吸内科、肾内科、神经内科、消化内科、PICU、小儿心脏病治疗中心和抗感染专业开展临床药学工作。药学部2007年成为江西省首批临床药师培训基地之一，2012被原卫生部（现国家卫生健康委员会）批准成为国家级临床药师培训基地，承担省内外临床药师培训工作，基地目前有带教临床药师2名，每年可招收抗感染药物专业学员3名、小儿用药专业学员3名。建立了处方前置审核系统，是江西省医学会临床药学分会首批审方药师实践培训基地。
药学部率先在全省开展处方前置审核工作，采用开放式双柜台双复核发药模式，最大限度减少差错和纠纷的发生，同时为患者提供用药咨询服务。按照医院用药品种目录，编制药品采购计划，做好药品供应、管理等工作；严格执行省招标采购文件的精神，实行网上采购。
制剂室按GPP要求配制生产临床需要而市场无供应或供应不足或不能满足患儿需要的并具有儿童特点、特色的药物制剂13种，如小儿退热口服液（俗称“红药水”），具有抗病毒功效的小儿清炎合剂（俗称“黑药水”）和专治小儿皮肤疾患的皮康外洗液等，以上自制制剂以价格低廉、疗效明显、毒副作用小等特点在省内享有声誉，已成为医院的品牌药，深受患儿家长欢迎。这些制剂的使用促进了医院专科的建设和发展。药检室对自制制剂进行质量监控，保障患儿用药安全有效。
随着社会进步和医疗模式的转变，医院药学正在由传统的药品供应管理型向以合理用药为核心的临床药学服务型转变。药学部转变药学服务模式，积极开展临床药学服务工作，围绕安全、有效、经济的合理用药原则，为患儿提供安全、高效、优质、价廉的药学服务。“以病人为中心”，专职临床药师与医生一起组成治疗团队，优化药物治疗方案；为医生、病人提供准确、及时的药物信息。
药师审查处方为用药安全把关等多元模式，形成全程化药学服务。是江西省最早开展治疗药物监测血药浓度监测的单位之一，开展了丙戊酸、卡马西平、苯巴比妥、拉莫三嗪、甲氨蝶呤和万古霉素等治疗药物的血药浓度监测，2015年开展药物基因检测工作，可检测15余种治疗药物相关的基因，为临床实施个体化精准给药提供依据。
近5年，药学部承担和主持省厅级课题15余项，共发表学术论文30余篇，另有50余篇论文参加各级学术会议交流，并获得优秀论文奖15项；获中国药学会“优秀药师”称号1人，获江西省医院协会“优秀药师”称号4人；参编论著3部，参与编写国家药品处方集儿童版。
门诊西药房被团中央、卫健委授予国家级“青年文明号”称号；近两年连续获全国儿科药学学术年会“优秀组织奖”，2018年度荣获省“优化控费结算改善就医费用体验”价值案例奖，2019年获全国智慧医疗创新大赛一等奖、最佳应用实践奖和最具人气奖，2020年药学部项目《江西省儿童医疗联盟药学服务综合平台》荣获中国药学会全国药学服务经典案例一等奖。
在完成药学服务工作之余，儿院药学人积极参加药学科普工作，加大公众用药安全知识普及，将合理用药理念带入千家万户。集中优势力量，组建合理用药科普团队，每年赴社区、幼儿园、中小学校、儿童教育机构等参加儿童合理用药知识宣讲10余次。与江西卫生报、家庭医生报、腾讯网、药事网、MKM、北儿医集团等多家机构和报刊媒体合作，制作相关药学科普视频、科普文章、PPT、儿童剧等，开展免费线上药学科普课堂，用通俗、易懂、科学、有趣的语言，让广大家长儿童充分认识合理用药，学会合理用药，共同参与到合理用药的宣传和实践中来。
药学部将秉承“仁爱、务实、求精、创新”的儿院精神，围绕国家医改政策，努力把科室建设成为以病人为中心、合理用药为目标、临床药学研究为手段、解决临床用药问题为核心、具有儿科特色的医院药学学科。