会昌县人民医院病理室是专业从事病理检查科室，是我县仅有的病理学专业科室。目前，病理室拥有徕卡石蜡半自动切片机、自动脱水机、恒温冷冻切片机、全自动染色-封片一体机、高端显微镜及病理图文分析系统等设备及仪器。

病理室现有专业技术人员4人，其中诊断医师2人，技术员2人，中级职称2人。

病理室目前以肿瘤病理诊断为重点，开展的医疗项目技术有普通病理，术中冰冻快速诊断，液基细胞学及粗针穿刺活检等。同时与南方医科大学华银检测中心协作，开展了远程病理会诊、免疫组化诊断及分子病理诊断等。

科室连续多年获得江西省病理质控中心、赣州市病理质控中心室间质控评比合格单位。