福建医科大学附属协和医院消化科在我国著名消化系疾病专家陈锡谋教授、林谷珍教授、王小众教授的先后领导下不断得到发展，现为福建省临床重点专科、福建医科大学重点学科，是福建省消化系疾病临床诊疗中心之一。

消化科现有90张病床的独立消化病区、消化内镜室与胃肠功能检查室。学科现有主任医师6名，副主任医师4名，主治医师6名，住院医师11名，其中博士学位13人，硕士学位13人，拥有很强的人才梯队和师资力量，综合实力在福建省消化系病领域保持领先的地位。学科带头人为王小众教授，科主任为陈丰霖主任医师，科副主任为张莉娟主任医师、李丹主任医师。

作为福建省的消化系病临床诊疗中心，消化专科年专科门诊量超过7万人次，每年收治超过2000名的消化系疾病住院患者，其中福建省内及周边省份的外埠患者占相当比重。消化系疾病的病种齐全，成功救治了大量消化系急、危、重症患者，在上消化道大出血、急性出血坏死性胰腺炎、肝硬化肝性脑病、严重败血症、休克等危重病症的抢救治疗上达到先进水平。

消化内镜室与胃肠功能检查室拥有最新型各类电子胃、肠镜，电子十二指肠镜，扇扫与纵轴超声内镜，胶囊内镜，彩色超声及13C红外能谱分析仪等大型诊疗设备与仪器，每年开展的胃、肠镜检查与治疗达3万人次以上。

消化科开展的消化道息肉切除，消化道狭窄的扩张及内支架置入，贲门失弛缓的内镜下介入治疗，胆总管结石碎石等各类内镜下微创治疗，使福建医科大学附属协和医院的内镜下的介入治疗技术达到省内先进水平。为提高我省超声内镜诊断水平发展超声内镜新技术、提高内镜治疗水平，福建医科大学附属协和医院已成功举办了4期福建协和消化内镜论坛，为国家级超声内镜及内镜治疗培训班。

消化科背靠福建省消化系疾病研究所，主持承担了国家自然科学基金及省自然科学基金等各类科研课题，现有科研经费达1000万元，已在SCI引源及Medline收录杂志发表文章60余篇，已获省科技进步奖共9项。现已在肝纤维化的发病机制与治疗、乙肝病毒分子病毒学与致癌机制、胃癌的实验与临床研究上形成学科的重点研究方向。学科现有内科学消化系病专业博士点与硕士点，为目前福建省消化系病专业博、硕士研究生的主要培养基地。