福建医科大学附属协和医院血管及甲状腺外科分为甲状腺外科和血管外科。其中甲状腺外科是福建省最早实现甲状腺专科化建制的科室、第一个甲状腺专科硕士及博士学位授予点，福建省外科学会甲状腺专业学组组长挂靠单位。省内最大的甲状腺疾病外科诊疗、临床教学、科研中心之一。拥有高级职称4人，在职医师均为研究生以上学历。年均门诊量超4万人次，手术量超2000例，癌占比84.06%，处于国内领先水平。

科主任赵文新教授、学科带头人、博士生导师，开展了福建省第一例3D腔镜甲状腺手术、第一例达芬奇机器人甲状腺癌根治术.目前机器人及腔镜甲状腺手术量稳居全省第一。赵文新带领团队多次获得豪韵达人秀甲状腺手术视频大赛各种术式的全国总冠军；荣获福建省科技奖、医院医疗技术创新奖。累计主持省级以上基金项目10余项，近年来在国内外学术期刊发表论文数十篇，手术视频被收录于《VideoEndocrinology》作为美国甲状腺协会（ATA）专业指导视频。

科室致力于“甲状腺癌的细针穿刺精准诊断”、“微创及腔镜手术治疗”、“术中神经检测与甲状旁腺识别与保护”及“晚期、疑难甲状腺肿瘤综合治疗”，全方位为甲状腺癌患者保驾护航。

血管外科是福建省组建的第一个血管外科专业团队，现拥有高级职称3人，血管外科专业博士1人，硕士4人。在血管外科开放手术及微创介入腔内治疗方面均处于福建省领先、国内先进水平。血管外科在陈幸生教授的带领下，于省内最早开展外周血管系统疾病的专科诊治，包括动静脉造影、肌袢成形术、动脉旁路术、静脉动脉化、腹主动脉瘤的人工血管重建术、曲张静脉的激光/微波治疗等。

2006年官云彪主任在福建省内最早开展经腘/小隐静脉导管溶栓治疗下肢深静脉血栓，同时又相继开展深静脉血栓、肺栓塞的微创机械吸栓治疗，髂静脉压迫综合征、布加综合征的微创腔内治疗，胸腹主动脉瘤/动脉夹层的腔内治疗（包括主动脉弓上分支、内脏分支、髂内动脉重建等技术），以及下肢动脉闭塞腔内治疗，锁骨下动脉闭塞、内脏动脉瘤、血管畸形、血透通路、糖尿病足等疾病诊治，年手术量1500台左右。

血管外科在开展临床工作的同时，还积极开展对外学术交流及专业学科建设，李南副主任医师曾前往美国斯坦福大学医学院血管外科访问学习，官云彪主任医师目前担任福建省医学会外科学分会血管外科学组副组长、海峡两岸医药卫生交流协会血管外科分会委员、国际静脉联盟中国静脉学会委员等职，同时还参与或主持多项包括国自然、省卫生厅、省科技厅科研项目多项，近年来在国内外核心学术期刊发表论文多篇。