福建医科大学附属协和医院胸外科成立于1959年，是福建省最早成立的普胸外科专业科室和首批重点学科，为福建省胸心外科学博士点，现为福建省胸心外科研究所、胸心外科福建省高校重点实验室的重要组成单位。

福建医科大学附属协和医院胸外一科现有床位41张，现有教授1人，主任医师2人，副教授3人，副主任医师3人，主治医师5人，住院医师4人，及一支高水平的护理团队。

年手术量1700余台，团队在胸腔镜精准解剖性肺段切除、胸腹腔镜联合食管癌淋巴结清扫、达芬奇机器人胸外科领域特色鲜明，其中“四分法”支气管吻合技术、“食管悬吊法”清扫喉返神经旁淋巴结、食管癌全程管理及改良快速康复、2.5野食管癌淋巴结清扫等技术居业内一流水平。

现有博硕士生导师3名，承担国家、省部级科研项目10余项，发表SCI及中文核心期刊论文50余篇，培养硕博研究生40余名，曾荣获省科技进步一等奖1项、三等奖1项。每年海西胸外科国际论坛，曾承办全国肺癌大会、AATSFocus等国内外顶级学术会议，学术影响力连年跻身获华东区医院最佳专科排行榜（复旦版）前五名。

胸外二科拥有床位41张，主任医师3名，副主任医师5名，主治医师4名，住院医师5名，博硕士生导师4名，年开展手术约1600台，其中微创手术占90%以上，三、四级手术占比达97%。2005年开展福建省首例人体肺移植手术，并成为省唯一获批肺移植准入医院。

团队擅长精准肺癌切除、微创食管癌全系膜切除、剑突下纵膈肿瘤切除、达芬奇机器人手术、复杂胸外科手术等，率先在国内提出“全食管系膜切除”、“功能性食管癌切除”、“隧道式肺癌淋巴结清扫”等先进外科理念，并多次受邀在国内大会发言及各大医院演示手术。每年举办国家级学习班“东南胸外科论坛”，已成为国内有影响力的胸外科品牌会议。

先后承担2项国自然基金面上项目（福建省首个胸部肿瘤项目），1项青年项目；多次获福建省科技进步奖，医院医疗技术创新奖；获科技创新团队项目立项（福建省教育厅唯一立项的临床与科研相结合的医学团队）。在国内核心期刊及SCI源期刊发表论文80余篇，已培养胸外科博、硕研究生60余名。

胸外三科成立于2016年10月，目前拥有床位12张，是福建省唯一具有肺移植及气管介入亚专科专业特色的胸外科团队，每年完成常规胸外科手术逾500台，其中微创手术近90%，三、四级手术率达80%以上，包括单孔胸腔镜肺段、肺叶及肺癌根治术、剑突下纵隔肿瘤切除术、胸廓畸形微创治疗等术式。管理医院的呼吸内镜室，每年完成常规气管镜超2000例，完成三、四级气管介入手术200余例。